На особую группу НКВД СССР были возложены следующие функции: разработка и проведение разведывательно-диверсионных операций против гитлеровской Германии и ее сателлитов; организация подполья и партизанской войны; создание нелегальных агентурных сетей на оккупированной территории; руководство специальными радиоиграми с германской разведкой с целью дезинформации противника.
25 августа 1941 года приказом НКВД СССР оперативные группы местных органов госбезопасности, призванные противостоять парашютным десантам и диверсантам противника, были преобразованы в 4-е отделы НКВД и управлений НКВД прифронтовых республик, краев и областей, оперативно подчиненные особой группе при НКВД СССР.
Тем же приказом было объявлено Положение о работе 4-х отделов и штатное расписание. Согласно этому документу, перед 4-ми отделами ставились следующие задачи: повседневный контроль за формированием истребительных батальонов, партизанских отрядов и диверсионных групп, руководство их боевой деятельностью; налаживание связи с истребительными батальонами, перешедшими на положение партизанских отрядов, а также с существующими партизанскими отрядами и диверсионными группами, находящимися в тылу противника; организация агентурной и войсковой разведки районов вероятных действий партизанских отрядов и диверсионных групп; разведка тыла противника и мест возможной переправы партизанских отрядов. обеспечение партизанских формирований оружием и боеприпасами для ведения боевых действий, а также продовольствием, одеждой и другим снаряжением.
Задачами 2-го отдела НКВД СССР и вошедших в его оперативное подчинение 4-х отделов территориальных НКВД и управлений НКВД являлись: формирование в крупных населенных пунктах, захваченных противником, нелегальных резидентур и обеспечение надежной связи с ними; восстановление контактов с ценной проверенной агентурой органов госбезопасности, оставшейся на временно оккупированной советской территории; внедрение проверенных агентов в создаваемые противником на захваченной территории антисоветские организации, разведывательные, контрразведывательные и административные органы; подбор и переброска квалифицированных агентов органов госбезопасности на оккупированную врагом территорию в целях их дальнейшего проникновения на территорию Германии и других европейских стран; направление в оккупированные противником районы маршрутной агентуры с разведывательными и специальными задачами; подготовка и переброска в тыл врага разведывательно-диверсионных групп и обеспечение надежной связи с ними; организация в районах, находящихся под угрозой вторжения противника, резидентур из числа преданных и проверенных на оперативной работе лиц; обеспечение разведывательно-диверсионных групп, одиночных агентов, специальных курьеров и маршрутных агентов оружием, боеприпасами, продовольствием, средствами связи и соответствующими документами.
На 4-е управление возлагались следующие задачи: а). В области разведывательной деятельности: сбор и передача командованию РККА разведданных о дислокации, численном составе противника и вооружении его войсковых соединений и частей; о местах расположения штабов, аэродромов, складов и баз с оружием, боеприпасами и ГСМ; о строительстве оборешительных сооружений; изучение режимных, политических и хозяйственных мероприятий германского командования и оккупационной администрации. б). В области диверсионной деятельности: нарушение работы железнодорожного и автомобильного транспорта, срыв регулярных перевозок в тылу врага; вывод из строя военных и промышленных объектов, штабов, складов и баз вооружения, боеприпасов, ГСМ, продовольствия и пр. имущества; нарушение линий связи на железных, шоссейных и грунтовых дорогах, узлов связи и электростанций в городах и других объектов, имеющих военно-хозяйственное значение. в). В области контрразведывательной деятельности (совместно с органами 2-го управления НКВД— НКГБ и военной контрразведки): установление мест дислокации разведывательно-диверсионных и контрразведывательных органов и школ германских спецслужб, их структуры, численного состава, системы обучения агентов, путей их проникновения в части и соединения РККА, партизанские отряды и советский тыл; выявление вражеских агентов, подготавливаемых к заброске или заброшенных в советский тыл для проведения шпионско-диверсионной и террористической деятельности, а также оставляемых в тылу советских войск после отступления германской армии; установление способов связи агентуры противника с ее разведцентрами; разложение частей, сформированных из добровольно перешедших на сторону врага военнослужащих РККА, военнопленных и насильственно мобилизованных жителей оккупированных территорий; ограждение партизанских отрядов от проникновения вражеской агентуры.