Другим недостатком было то, что партизаны в этот период имели слабую связь с крупными городами, где были штабы и учреждения врага, где вынашивались его замыслы и через которые непрерывным потоком шли вражеские людские силы и материальные ресурсы.
Ошибка некоторых руководителей подпольных организаций и партизан состояла в том, что они легко заводили большое количество агентов-разведчиков среди патриотически настроенных советских граждан, но не вели сложной работы по внедрению своих агентов в места, где их работа являлась бы наиболее ценной и где она была связана с большими трудностями.
Отсутствием разведывательного опыта в начальный период можно объяснить то, что многие захваченные немецкие документы сжигались партизанами, агентами и подпольщиками, часто не имевшими представления их ценности.
Сообщения о важнейших данных, добытых ценой большого труда и риска, иногда присылались по неопытности в бесполезном виде. В разведку включились сотни тысяч патриотов, готовых на все во имя советской Родины, но у них не было опыта и навыков этой работы. Многие разведчики в начале войны, наблюдая в течение дня все новые и новые войска противника, не только не могли подсчитать их, но даже теряли всякое представление об их количествах и писали в донесениях иногда фантастические вещи.
Эти трудности были преодолены довольно быстро. В отряды и бригады направлялись опытные разведчики, в большей степени чекисты, шел в больших масштабах инструктаж партизан и жителей по вопросам разведывательной работы, разрабатывались ясные и точные директивы о ее способах и задачах. Вскоре выковались кадры превосходных разведчиков и руководителей разведки из партизан.
Расширяясь, партизанское движение накапливало опыт. Для бесчисленных партизанских отрядов, бригад, соединений, партийных, комсомольских и антифашистских подпольных организаций разведка становилась огромной необходимостью. Непрерывно расширялась и квалифицировалась разведывательная работа для Красной Армии.
Партизаны и подпольщики, опираясь на традиции большевистского подполья, выработали наиболее эффективные методы разведки.
Центральный комитет ВКП(б) и Ставка Верховного Главнокомандования уделяли огромное внимание развитию народной борьбы в тылу врага, особенно разведывательной работе, ставили задачи в данной области и указывали способы организации этой работы и методы ее ведения.
1 сентября 1942 года во время приема группы командиров партизанских отрядов и организаторов партизанского движения И. В. Сталин указал на что, что советские партизаны действуют при поддержке миллионов советских людей, а значит, имеют прекрасные возможности для разведывательной работы, могут и должны оказать неоценимую помощь Красной Армии в разгроме врага.
Указывалось, что партизаны должны вести разведку передвижения войск противника, добывать сведения об их складах, аэродромах, технике, а также о настроении у солдат и офицеров (о чем говорят, что собираются делать, какие строят планы).
Говорилось о необходимости везде заводить свою агентуру из преданных людей, которые должны были только вести наблюдение и обо всем сообщать, больше ничего не делая. Надо было проникать в учреждения, организации, штабы врага и органы власти. Для этого требовали заводить и усиливать связи в городах, через которые проходили коммуникации, шло движение войск, где находились учреждения и штабы и где ковались замыслы врага. Подчеркивалось, что нельзя забиваться только в лес —. многое оттуда не увидишь. Задачи и принципы разведывательной деятельности партизан были изложены в знаменитом приказе № 00 189 от 5 сентября 1942 года, ставшим программой партизанского движения Великой Отечественной войны.
Было принято решение руководство разведывательной работой партизан в тылу врага сосредоточить в одних руках, в штабах партизанского движения. Решением Государственного Комитета Обороны в Центральном штабе, республиканских, фронтовых и областных штабах партизанского движения были образованы разведывательные отделы.
Специальным приказом Верховного Главнокомандующего исходя из опыта движения были назначены заместители командиров по разведке во всех партизанских соединениях, бригадах и отрядах. Этим приказом была дана полная и стройная организация партизанских разведывательных органов в тылу врага. С этого времени начался огромный и неуклонный размах партизанской разведки и рост качественных показателей ее работы.
Среди обязанностей заместителя командира по разведке были подбор и внедрение агентуры, вся практическая работа с нею, систематическое совершенствование разведывательной работы и непрерывное ее расширение, получение разведывательных данных, их отбор, первичная обработка, дополнительная в случае нужды проверка и представление разведывательных данных по назначению.