При подготовке к операции армия совершила на разведку 2600 самолето-вылетов. Данные воздушной разведки представляли большую ценность для командования и штабов всех степеней.
Командование воздушной армии большое внимание уделило организации взаимодействия авиации с сухопутными войсками и между родами авиации. По плану операции все штурмовые авиасоединения для взаимодействия были закреплены за армиями ударной группировки фронта. На период прорыва обороны противника штурмовые авиасосдинепия оперативно подчинялись командующим общевойсковыми армиями, а с вводом в прорыв танковых армий переподчинялись их командующим. Таким образом, все армии ударной группировки фронта обеспечивались штурмовой авиацией, которая в любой момент могла оказать им поддержку в бою.
На период операции были определены также взаимодействующие между собой авиасоединения и части.
Командиры и штабы авиасоединений, получив указания о порядке взаимодействия с сухопутными войсками и между родами авиации, отработали совместно планы взаимодействия. Затем командиры авиасоединений и частей, а также командиры - ведущие групп выезжали на передний край для ознакомления с местностью и расположением целей.
Боевые задачи командиры авиасоединений получили за пять дней до начала операции. Сосредоточение авиации на оперативных аэродромах происходило постепенно, в течение четырех-пяти дней. Перелеты велись на высотах не более 300 м. Удаление оперативных аэродромов истребителей и штурмовиков не превышало 10 - 20 км от линии фронта. Особое внимание уделялось маскировке аэродромов и борьбе с воздушными разведчиками противника.
Управление авиацией в операции строилось с расчетом обеспечить нанесение ударов по врагу в непосредственной близости от наступающих войск, чтобы войска могли максимально использовать их результат для продвижения вперед, особенно при прорыве обороны противника. Для более четкого управления авиацией над полем боя командиры взаимодействующих авиасоединений должны были находиться на командных пунктах командующих армиями (командиров корпусов). Кроме этого на направлении главного удара в 6 км от переднего края был организован вспомогательный пункт управления (ВПУ), на который был направлен заместитель командующего воздушной армией генерал А. С. Сенаторов.
В связи с тем что к борьбе с авиацией противника в Берлинской операции привлекались крупные массы истребителей, для улучшения управления ими по указанию командарма 16-й воздушной была развернута централизованная радиолокационная система, состоявшая из армейского и двух корпусных узлов наведения (при 3-м и 13-м иак), каждый из которых имел 2 - 3 радиолокационные станции.
Система давала возможность командующему воздушной армией постоянно знать обстановку в воздухе и своевременно реагировать на ее изменения, при необходимости наращивая силы истребителей там, где возрастала активность вражеской авиации. Командиры авиакорпусов могли более успешно вести борьбу за удержание господства в воздухе над полем боя.
Командование, политорганы, партийные и комсомольские организации 16-й воздушной армии при подготовке и в ходе Берлинской операции провели огромную работу по укреплению морального состояния и по разъяснению всему личному составу армии значения этой операции, целью которой было победоносное завершение Великой Отечественной войны.
Основой их работы в частях было воспитание тактически грамотного, смелого, преданного и дисциплинированного воздушного бойца, готового к ожесточенным боям с сильным и коварным врагом.
Агитационно-пропагандистская работа строилась в соответствии с задачами каждого рода авиации. От истребителей прежде всего требовалось умение найти противника и уничтожить его во что бы то ни стало. На аэродромах у самолетов, в общежитиях и столовых были вывешены плакаты с надписью: "Истребитель! Бей врага наверняка, с близкой дистанции!" Этот призыв ежеминутно напоминал летчику-истребителю о его обязанностях.
Главная задача бомбардировщиков и штурмовиков состояла в том, чтобы найти цель и точно ее поразить. В пропаганде этого требования инициативу проявили политаппарат и парторганизации 3-го бак, 6-го шак и 2-й гвардейской шад.
В авиасоединениях и частях состоялись конференции по обобщению опыта прошедших боев с участием бывалых летчиков, встречи Героев Советского Союза с молодыми летчиками и представителей сухопутных войск с авиаторами.
К началу наступления Военный совет фронта направил в войска обращение к бойцам и офицерам, в котором говорилось: