Междуцарствие было коротким. Прошло два дня, и дума приговорила послать своих представителей к «царевичу». Бельскому удалось запугать думу известиями о походе Лжедмитрия I на Москву.
Самозванец потребовал к себе главных бояр — Василия Шуйского с братьями, Мстиславского и других. Но дума оказала неповиновение и отправила в Тулу боярина князя Ивана Воротынского, 20 лет бывшего не у дел.
В Москве знать не скрывала своего презрения к павшей династии. Царь Федор Годунов и его родня были взяты под домашний арест. По настоянию вельмож свежая могила Бориса в Архангельском соборе была раскопана, труп предан поруганию. Действия бояр развязали руки «вору».
Отрепьев потребовал, чтобы к нему в Серпухов явилось все руководство думы. Не по своей воле к нему отправились Дмитрий Шуйский, Федор Мстиславский и другие бояре. Князь Василий Шуйский уклонился от этой сомнительной чести и остался в столице.
Узнав о разорении могилы Бориса, самозванец потребовал от главных бояр истребления «этих чудовищ, кровопийц и изменников», то есть царя Федора Борисовича и его семьи. Осуществить его приказ взялись князь Василий Голицын, Мосальский и Сутупов.
Палачами царской семьи стали дворянин Михалка Молчанов и Андрей Шерефединов, выходцы из опричной среды. Они явились на старое подворье Бориса Годунова в сопровождении отряда стрельцов, захватили царицу и ее детей и развели «по храминам порознь».
Царица Мария Годунова-Скуратова была задушена. Федор Годунов отчаянно боролся за жизнь, стрельцы долго не могли с ним справиться.
После казни боярин Василий Васильевич Голицын велел созвать перед домом народ и, выйдя на крыльцо, объявил «миру», что «царица и царевич со страстей» отравили себя ядом.
20 июня 1605 г. Лжедмитрий торжественно вступил в столицу и водворился в царском дворце. Низложив Иова, он поставил во главе церкви своего «угодника» — грека Игнатия.
Вслед затем Лжедмитрий произвел перемены в высшем боярском руководстве. Наибольшим влиянием в думе пользовались князь Василий Шуйский и его братья. На их головы и обрушился удар. «Вор» использовал доносы на Шуйских, поступившие от П. Ф. Басманова, польских секретарей и телохранителей.
Василий Шуйский некогда расследовал обстоятельства смерти царевича Дмитрия. Поэтому к нему постоянно обращались с тех пор, как в Литве объявился самозванец. В кругу доверенных лиц князь Василий допускал откровенность даже после того, как Лжедмитрий занял Москву.
Однажды на двор к князю Василию явились некоторые из московских купцов и горожан, чтобы поздравить его с царской милостью. Шуйский будто бы проехал по улицам столицы с «царем» в его экипаже. В ответ на поздравление одного купца, пользовавшегося полным доверием хозяина, Шуйский в сердцах сказал про нового государя: «Черт это, а не настоящий царевич… Не царевич это, а расстрига и изменник наш». Стоявший поодаль купец подслушал разговор и поспешил донести о нем. Русские источники называют имена купцов и посадских людей, с которыми Шуйский вел неосторожные разговоры. Самым влиятельным из них был Федор Савельевич Конь — крупнейший архитектор и строитель своего времени. В поздних русских «Сказаниях» дело представлено так, будто великий поборник православия князь Василий призвал к себе Федора Коня и другого известного в Москве человека, Костю Лекаря, и сказал им, что государь — злой враг, богоотступник и еретик Гришка Отрепьев. Шуйский якобы сам наказал Коню: «Поведайте тайно в мире с разсуждением, чтобы християне… еретика познали». Федор Конь и Костя Лекарь поведали «про еретика без рассуду многим людям», после чего о крамоле узнал Петр Басманов.
Получив донос, Лжедмитрий приказал без промедления арестовать трех братьев Шуйских. Приставами (тюремщиками) Шуйских были назначены бояре Басманов и Салтыков. При Борисе Годунове Михаил Глебович Салтыков руководил розыском о заговоре Романовых, при самозванце расследовал заговор Шуйских. Боярин усердствовал, чтобы доказать свою преданность новому государю. Но главными инициаторами розыска были, по-видимому, Богдан Яковлевич Бельский и Петр Федорович Басманов.
Шуйским было предъявлено обвинение в государственной измене. Официальная версия дела заключала в себе много неясного. Даже близкие к особе Лжедмитрия люди по-разному излагали вину князя Василия. Боярина обвиняли то ли в распространении слухов, порочивших государя, то ли в организации форменного заговора с участием многих тысяч лиц.
В письме из Москвы от 4 июля 1605 г. иезуит А. Лавицкий сообщал, что Шуйского осудили за то, что он называл «Дмитрия» врагом и разрушителем истинной православной веры, орудием в руках поляков. Один из секретарей самозванца, поляк С. Слонский, рассказывал, что именно он передал государю донос купца, подслушавшего, как Шуйский называл царя Растригой и изменником. Яков Маржарет, телохранитель Лжедмитрия, писал, что Шуйского обвинили в «преступлении оскорбления величества».