В этот день царь Михаил пригласил к себе на обед Дмитрия Михайловича Пожарского, едва оправившегося после болезни. Чувствуя свою вину за прошлую обиду, Михаил был крайне любезен. В знак особой милости он подарил князю позолоченный кубок и соболью шубу, а дьяк, вручавший награды, перечислил все боевые заслуги воеводы. Князь пообещал, что, пока его рука удерживает саблю, полякам Москвы не видать.
Он занял со своим войском западную часть стен Белого города, ожидая, что именно отсюда Ходкевич предпримет штурм. Его предположения подтвердили два французских сапера, перебежавшие из польского стана.
После полуночи 30 сентября 1618 года польская пехота двинулась к Земляному валу. Взорвав деревянные ворота, они проникли внутрь города и подошли к Арбатским и Тверским воротам Белого города. Пожарский приказал открыть Арбатские ворота и во главе своих всадников помчался на польскую пехоту. Не выдержав яростной атаки, те ударились в бега. К утру Земляной город был очищен от врага.
Понеся большие потери, Ходкевич отступил от столицы в сторону Троицкого монастыря. Но и там его встретили огнем орудий. Несолоно хлебавши гетман увел войско на свою старую стоянку в Рогачево. Казаки Сагайдачного отступили к Калуге, но город захватить им не удалось, вдобавок часть казаков во главе с полковником Жданом Коншиным перешла в стан русской армии.
Королевич не захотел оставаться еще на одну зимовку в этой негостеприимной стране, тем более что сейм не соглашался более на выделение новых средств для ведения войны. В деревне Деулино, в трех верстах от Троицкого монастыря, начались переговоры. 1 декабря 1618 года было заключено перемирие на четырнадцать с половиной лет. Его условия были крайне невыгодны для России: король получил более тридцати городов на Смоленщине и Черниговщине. Новая граница проходила теперь недалеко от Вязьмы, Ржева и Калуги. Не отказался Владислав и от своих притязаний на русскую корону.
Только через полгода на реке Поляновке произошел обмен пленными. Получили наконец свободу отец царя, митрополит Филарет, прославленный смоленский воевода Михаил Борисович Шеин и брат прежнего, уже покойного, государя — Иван Шуйский. В Можайске Филарета встретил посланный царем Дмитрий Пожарский. Обнажив голову, он подошел к старцу и прикоснулся губами к его худощавой руке, принимая благословение. Филарет порывисто обнял воеводу за плечи.
— Благодарю тебя, князь, за все, что ты сделал для России! Слава о твоих подвигах широко пошла. Даже наш заклятый враг, канцлер литовский Лев Иванович Сапега, у которого я в заточении пребывал, называл тебя не иначе как «великий богатырь».
Пожарский смущенно опустил голову, он не любил пышных славословий. Всю дорогу он ехал рядом с санями, рассказывая Филарету о московских новостях. У самой Москвы на речке Пресне их поезд поджидал царь. При виде отца он пал ниц, Филарет вылез из саней и встал на колени, приветствуя государя. Оба плакали, не стесняясь слез, потом наконец бросились друг другу в объятия. Затем отец вновь сел в сани, а Михаил шел пешком до самого Кремля.
Через несколько дней гостивший в Москве Иерусалимский патриарх Феофан посвятил Филарета в патриархи. Отныне все грамоты писались так: «Великий государь, Царь и Великий князь Михаил Федорович всея Руси и Святейший патриарх и великий государь приказали…» И это не было пустым славословием. Патриарх Филарет действительно стал соправителем сына, ни один царский указ не подписывался без его совета, даже послов они принимали вдвоем. Инокиню Марфу Филарет тотчас отстранил от государственных дел, наказав ей быть постоянно в Вознесенском монастыре.
Разобрался Филарет и с делом Дионисия, призвав на помощь патриарха Феофана, сведущего в греческих книгах. Тот подтвердил правоту Дионисия, который с честью был отпущен в монастырь. Зато келарь Авраамий Палицын был сослан на Соловки, где и умер в 1627 году, оставив после себя «Сказание», где с превеликим усердием описывал собственные несуществующие подвиги.
Князь Дмитрий Тимофеевич Трубецкой, претендовавший на владение царской волостью, был сослан воеводой в Тобольск.
Вновь были подкреплены царским указом права Дмитрия Михайловича Пожарского на владение вотчинами. К Пожарскому Филарет, а следовательно, Михаил относились с подчеркнутым уважением. В 1619 году он был назначен начальником Ямского приказа, ведал сбором налогов в казну. С 1620 по 1624 год он служил воеводой в Новгороде, где требовалось навести порядок после шведской оккупации. Для приостановления разгула разбойничьих шаек Пожарского назначили начальником Разбойного приказа, а в тридцатые годы он поочередно руководил Поместным и Судным приказами.