Шуйский, вступив на престол, своеобразно попытался восстановить историческую справедливость. В июне 1606 года он организовал прославление мощей убиенного царевича Дмитрия, озвучив недвусмысленные обвинения в адрес Бориса Годунова. А в сентябре распорядился организовать почетное перезахоронение Годуновых в Троице-Сергиевом монастыре «по царскому чину». Вскоре в Москву вернули из ссылки патриарха Иова, чтобы он дал «миру» прощение от греха клятвопреступления Годуновым.
Все эти маневры понадобились Шуйскому для того, чтобы хоть как-то противостоять слухам об очередном чудном спасении — на сей раз уже не царевича, а законного царя Дмитрия.
С расправой над Лжедмитрием ясно все было москвичам, да и то не всем. Остальная Россия осталась в недоумении. На этом фоне появление слухов о спасшемся в Москве «царе Дмитрии» вызвало мощное брожение в народе и стало поводом для серьезных антиправительственных выступлений.
«В Перми явилась смута между войсками, набранными для царя; они начали побивать друг друга и разбежались со службы, — писал Платонов. — В Вятке открыто бранили Шуйского и сочувствовали Дмитрию, которого считали живым. Во многих местностях поднимались крестьяне и холопы. Смутами пользовались инородцы, обрадованные случаем сбросить с себя подчинение русским. Они действовали заодно с крестьянскими шайками. Мордва, соединясь с холопами и крестьянами, осадила Нижний Новгород. В далекой Астрахани поднялся на царя народ и казаки. В самой Москве было заметно брожение в народе, хотя не доходившее до возмущения, но очень беспокоившее Шуйского».
Первым настоящее восстание против Шуйского организовал князь Григорий Шаховской, которого современник-летописец назвал «всей крови заводчиком». Приближенный Лжедмитрия, сосланный за это на воеводство в Путивль, Шаховской объявил, что Дмитрий жив, чем сразу поднял против Шуйского весь город. К движению охотно потянулось провинциальное дворянство, а за ним в Смуту втягивалось и простонародье.
Ближайшим сподвижником князя Шаховского стал Иван Болотников, человек отважный и бывалый. Боевой холоп-«послуживец» князя Телятевского, он попал в плен к татарам, несколько лет провел рабом на турецких галерах. Неизвестно, как он бежал, оказался в Венеции, а затем — в Польше. Там люди, готовившие уже спецоперацию со вторым Лжедмитрием, нашли его весьма перспективным для своего дела. Болотникова отправили в Путивль к Шаховскому, который сразу дал ему под командование целый отряд.
Болотников быстро нашел средство увеличить численность своего войска, призвав под знамена гулящих людей, беглых крестьян и холопов и обещав им именем царя Дмитрия прощение и свободу. В своих грамотах он возмущал низы не только против Шуйского и за Дмитрия, но и против высших классов. «Движение, поднятое дворянами, Болотников повел в глубь общества, откуда сам вышел, набирал свои дружины из бедных посадских людей, бездомных казаков, беглых крестьян и холопов — из слоев, лежавших на дне общественного склада, и натравлял их против воевод, господ и всех власть имущих», — писал Ключевский.
С десятитысячным войском из крестьян, посадских людей и казаков Болотников из Путивля двинулся на Москву. При первой же встрече с царскими войсками у Ельца и Кром мятежники одержали победу и заняли эти города. Ничто так не ведет к успеху, как успех. За Болотниковым пошли Тула, Венев, Кашира, Орел, Калуга, Вязьма, некоторые тверские города. С особенной силой и энергией движение развернулось в Рязани, где его возглавили дворяне Григорий Сунбулов и братья Ляпуновы — Прокопий и Захар, которые привели на сторону восставших рязанское ополчение. Сотник Истома Пашков из Венева возглавил тульское, каширское и веневское ополчения. Овладев Калугой, Каширой, Серпуховом, войска Болотникова разбили царские войска под Коломной и приближались к Москве.
Именно в это время впервые в события Смуты был широко и необратимо вовлечен Нижегородский уезд, как и все Поволжье, где в октябре 1606 года развернулось движение сторонников еще даже не пришедшего в Россию Лжедмитрия II.
Любомиров зафиксировал: «Как только при царе Василье началась социальная смута, она захватила в свой район и Нижегородский край. „Воровские листы“ Болотникова достигли и приволжских мест. Получив известия, вероятно, еще преувеличенные, о размерах движения, давно таившие недовольство народы Поволжья сочли момент подходящим для того, чтобы сосчитаться с русскими, и восстали… С ними же соединились также имевшие полное основание быть недовольными своим положением и общественным устройством „боярские холопи и крестьяне“».