Салтыков и Андронов жаловались Сигизмунду, что патриарх призывает к себе людей и говорит им: если Владислав не крестится в православную веру и все литовские люди не выйдут из Московской земли, то королевич русским не государь. Об этом патриарх пишет во многие города и встречает поддержку, в том числе от посадских людей в Москве, которые готовы встать против поляков.
Салтыков пришел к нему с боярами и сказал:
— Ты писал, чтобы ратные люди шли к Москве; теперь напиши им, чтобы возвратились назад.
— Напишу, — отвечал Гермоген, — если ты, изменник, вместе с литовскими людьми выйдешь вон из Москвы; если же вы останетесь, то всех благословляю помереть за православную веру, вижу ей поругание, вижу разорение святых церквей, слышу в Кремле пение латинское и не могу терпеть.
Патриарха изолировали в Чудовом монастыре под стражей.
Под Смоленском послы Василий Голицын, Филарет и члены Земского собора отказались подчиняться новым инструкциям Думы, несмотря на угрозы расправы. Филарет заявил:
— Отправлены мы от патриарха, всего Священного собора, от бояр, от всех чинов и всей земли, а эти грамоты писаны без согласия патриарха и без ведома всей земли: как же нам их слушать?
Василий Голицын из-под Смоленска писал, что Сигизмунд сам намерен занять русский трон, а не прислать в Москву сына. Разоблачения посла и непреклонная позиция Гермогена произвели сильное впечатление на москвичей.
Гонсевский явился в Думу и потребовал самых суровых мер против бунтовщиков и немедленного их усмирения, патриарха — в первую очередь. Боярам были предъявлены грамоты Гермогена с призывами к неповиновению. Патриарх не стал отрицать подлинность перехваченных грамот, но твердо заявил, что непричастен к начавшемуся восстанию, поскольку-де призывал только к посту и молитвам. Он действительно не поддерживал связей с главными центрами земского движения в Рязани и Калуге.
Мстиславский и Гонсевский хотели бы низложить Гермогена. Но не решились на суд над патриархом, который пользовался полной народной поддержкой. Боярская дума сделала вид, что поверила объяснениям патриарха.
Но в действительности Гермоген призывал не только к посту и молитвам. И сносился он не с Ляпуновым и рязанцами, а с Нижним Новгородом. Патриарх пришел к выводу, что борьбу за спасение страны должны возглавить города, которые не участвовали ранее ни в каких воровских выступлениях. «Главным из таких городов был, без сомнения, Нижний Новгород, — указывает Скрынников. — В глубокой тайне патриарх составил обширное послание к нижегородцам. Твердо и безоговорочно Гермоген объявил им, что как первосвященник он отныне освобождает всех русских людей от присяги Владиславу. Глава церкви заклинал нижегородцев не жалеть ни жизни, ни имущества для изгнания из страны неприятеля и защиты своей веры».
В Нижегородском уезде во второй половине 1610 года управляли воеводы стольник князь Репнин, Алябьев и Аничков, назначенные еще Шуйским. В 1611 году первым воеводой станет князь Василий Андреевич Звенигородский, посаженный Семибоярщиной и получивший чин окольничего от Сигизмунда. Очевидно, что новый руководитель доверием не пользовался, хотя источники молчат о конфликтах между князем Звенигородским и прежними руководителями, снискавшими себе славу в боях с многочисленными «ворами». И нет никаких сведений о том, что новая власть как-то ограничивала инициативу посадского мира.
К концу 1610 года в Нижнем Новгороде возобновил свою деятельность «Городовой совет». Пудалову не известно «ни одной грамоты этого периода, подписанной только приказной администрацией: все сохранившиеся документы вновь идут от имени „властей“ (духовенства), воевод и дьяков, „служилых людей по отечеству и по прибору“, от посадских людей. При этом посланцами Нижнего Новгорода практически всегда были представители двух социальных слоев — „служилых по отечеству“ (то есть местного дворянства) и посадских. Эти социальные слои и сыграли, видимо, решающую роль в последующих событиях».