Можно сетовать, что патриарх Гермоген в своей слепой преданности царю Василию не увидел в Скопине-Шуйском человека, вокруг которого могло объединиться измученное Смутой государство. Но ведь и сам Скопин-Шуйский порвал послание Прокофия Ляпунова против царя Василия, который «сел на Московское государство силою, а ныне его ради кровь проливается многая, потому что он человек глуп, и нечестив, пьяница, и блудник, и всячествованием неистов, и царствования недостоин».
Отказавшись претендовать на высшую власть в государстве, молодой полководец не спас от своих завистливых и бездарных родственников ни себя, ни армию. 23 апреля 1610 г. он упал на пиру, приняв чашу с медом из рук Екатерины Григорьевны, жены князя Дмитрия Ивановича Шуйского — признанного наследника бездетного царя Василия. Боярыня Екатерина, дочь Малюты Скуратова, по всеобщему мнению, подсыпала полководцу «зелья лютого».
Но час расплаты Москвы за преступления верхов уже приближался. 24 июня 1610 г. князь Дмитрий Шуйский, возглавивший после смерти Скопина армию, бездарно потерял с таким трудом собранные полки в сече с поляками при Клушине; значительная часть спасшихся при разгроме наемных воинов перешла на сторону Речи Посполитой. Шведы отступили на север и начали войну с Россией. Гетман Станислав Жолкевский совершил стремительный прорыв к Москве, принимая под свою руку крепости именем польского королевича Владислава (как давно договаривался о том со сторонниками Лжедмитрия в Тушино). Прокофий Ляпунов поднял восстание в Рязани, Коломна и Кашира поддались Лжедмитрию II, вновь подошедшему с воинством к Москве.
Пройдет еще немного времени, и патриарх, утомленный укоризнами «враждотворцев», будет оправдываться перед молодым князем Иваном Андреевичем Хворостининым, которого он при Шуйском заточил в монастырь. «Ты более всех потрудился в учении, — будет говорить Гермоген, — ты знаешь, что не я виновник пребывания в Москве “странного сего и неединоверного воинства” поляков и немцев. Никогда я не призывал их, лишь просил россиян облечься в оружие Божие, в пост и молитву, призывал разбойников отстать от разбоя, грабителя — отторгнуться от грабления, лихоимца — отрешиться от того, блудника — отвергнуть от себя скверну сию. Тогда все спасутся и исцелеют. Се оружие православия, се сопротивление в вере, се устав закона! А кого вы нарекли царем, если не будет единогласен вере нашей — не царь нам! Если же будет верен — да будет нам царь и владыка!»
Эти речи, однако, не меняли того факта, что в Москве стоял польский гарнизон, а православные, по благословению Гермогена, присягнули польскому королевичу Владиславу. Как это произошло, как
Гермоген стоял за царя Василия даже тогда, когда, казалось, все уже от него отступились. Воины, уже не первый год оборонявшие Москву, взбунтовались против царя во главе с Захарием Ляпуновым, князем Федором Мерином-Волконским и другими известными воеводами. 17 июля 1610 г. вооруженная толпа «мелких» дворян ворвалась во дворец и закричала царю: «Долго ли за тебя будет литься кровь христианская? Земля опустела, ничего доброго не делается в твое правление, сжалься над гибелью нашей, положи посох царский, а мы уже о себе как-нибудь промыслим!» Шуйский проявил твердость, но толпа ринулась на Красную площадь, а затем за Москву-реку, к Серпуховским воротам, ухватив с собой патриарха.
В ответ на вопли о необходимости «ссадить» царя Василия Гермоген укреплял народ в верности царю и заклинал не сводить его с царства. Немногие стоявшие за царя бояре «тут же уклонились». Приговорили «бить челом царю Василию Ивановичу, чтоб он, государь, оставил царство для того, что кровь многая льется, а в народе говорят, что он, царь, несчастлив, и многие города его на царство не хотят!» Патриарх стойко стоял за Василия, но депутация москвичей уже отправилась к государю и свела его с престола на прежний боярский двор.
Тушинцы, обещавшие в случае низложения Василия отказаться от Лжедмитрия и избрать единого государя «всей землей», заявили москвичам насмешливо: «Вы не помните государева крестного целования, потому что государя своего с царства ссадили, а мы за своего помереть рады». Это дало возможность Гермогену вновь потребовать, чтобы Шуйскому вернули престол, но речи патриарха не были услышаны. 19 июля Шуйский был насильно пострижен в монахи. Гермоген не признал законность этого действа, продолжал считать царем Василия, а монахом объявил князя Тюфякина, произносившего за государя обеты.