В продолжение всего весеннего похода он был начальником канцелярии Шарнгорста, который писал ему: «Я всегда очень ценил Вас… Только с Вами я понимаю сам себя, наши идеи совпадают, и наши планы идут в неизменном направлении». 2 мая Шарнгорст был ранен в сражении при Гроссгершене и через несколько недель скончался. «Армия, государство, вся Европа, — жалуется Клаузевиц, — потеряли незаменимого человека».
Он остался с Гнейзенау на своей прежней службе, принимал участие в совещаниях, которые привели к сражению при Бауцене (20 и 21 мая). Даже и теперь, после прекращения военных действий, несмотря на ходатайство Гнейзенау, он еще не был принят обратно на прусскую службу.
Между тем, в это время был сформирован русско-немецкий легион и отправлен к устью Одера, где он должен был включиться в состав формировавшейся под начальством шведского кронпринца Бернадотта Северной армии. Уже с осени 1812 г. Клаузевиц состоял при легионе в качестве старшего офицера Генерального штаба; теперь он вступил в ряды легиона. (Из этого легиона вместе с сильным британско-немецким легионом, шведской дивизией, мекленбургской и ганзейской бригадами, вольным корпусом Люцова и несколькими казачьими полками был сформирован армейский корпус, всего в составе 27 000 человек.) Им командовал граф Валльмоден Гимборн, бывший в то время русским генералом и отличавшийся, по отзыву Клаузевица, военными способностями. Клаузевиц был его генерал-квартирмейстером.
На следующие операции против Даву, войска которого находились под Гамбургом, Клаузевиц имел мало влияния, тем более, что Бернадот не давал Валльмодену свободы для больших передвижений. Несмотря на это, корпус действовал успешно. Даву отказался от попыток овладеть левым берегом Эльбы, ограничившись удержанием линии Лауенбург — Катцебург — Любек, позади которой он сильно укрепил Гамбург. Хотя легион не был призван на главный театр военных действий и был вынужден бездействовать, он продвинулся вперед и незадолго до Битвы народов при Лейпциге прогнал французов из Бремена. В декабре Даву должен был отступить к Гамбургу. Бернадот преследовал отступавших на Киль датчан, а Валльмоден пытался силами своего корпуса отрезать их от Шлезвига. Когда при Зеештадте, к северо-востоку от Рендсбурга, произошло сражение, Клаузевиц надеялся, что датчане будут уничтожены. После того как им удалось открыть себе путь на Рендсбург, он писал: «Отвратительное чувство — быть близким к такому блестящему успеху и упустить его из рук». В середине февраля 1814 г. русско-немецкий легион отправляется в Нидерланды, где Бюлов и фон Винценгероде с ноября предыдущего года овладевали одним пунктом за другим. Сражений больше не происходило. В конце марта Наполеон под Парижем был побежден союзниками.
Клаузевиц получил чин полковника русской службы, а кроме того, Александр I наградил его почетной саблей и орденом. Вернувшись наконец в апреле 1814 г. на прусскую службу, он получил патент на чин полковника пехоты. Временно он остался при своем легионе, который был переведен на нижний Рейн. Летом этого года, в котором было одержано столько побед, он лечился в Аахене от подагры, осенью и зимой временно командовал легионом, а в феврале 1815 г. снова лечился в Аахене.
Наступила эпоха Ста дней Наполеона. Во время короткого похода 1815 г. Клаузевиц был начальником штаба 3-го прусского армейского корпуса под командованием генерала Тильмана. Он участвовал в сражении при Линьи и во втором походе на Париж. Он не признавал некоторых ошибок, допущенных высшим прусским командованием в последней борьбе с Наполеоном, разделяя господствовавшее мнение, что самостоятельность низшего командования не должна распространяться на основные линии общего ведения дела. От всей души он радовался славной победе при Белль-Алльянсе 18 июня 1815 г., опасаясь, конечно, что при недоброжелательстве союзников к Пруссии ей достанутся слишком скудные плоды победы.
Тотчас же после заключения второго Парижского мира он стал начальником штаба при генерале-от-инфантерии Гнейзенау, получившем общее командование на Рейне. С большим удовольствием он проводил работу по организации военного дела во вновь отвоеванных провинциях.
В Нассау он находился в обществе Макса фон Шенкендорфа и барона фон Штейна, — Гнейзенау уже в 1816 г. подал в отставку, глубоко недовольный интригами, которые при реформе армии мешали развитию сил и талантов. Напрасно Клаузевиц старался побудить своего начальника к терпению. Преемником Гнейзенау был генерал фон Гаке, с ним у начальника штаба не установилось доверительных отношений.