В дворянском собрании Петербурга на общем сходе дворянства, купечества, чиновников и духовенства столицы было принято решение о создании ополчения Петербурга и Петербургской губернии. С каждых ста душ крепостных в его состав выделялись по десять человек. Руководителем ополчения единогласно выбрали Кутузова. Домой к старому генералу отправили целую делегацию, её представители и передали Кутузову просьбу принять на себя командование Петербургским ополчением.
Кутузов приехал в дворянское собрание, вошёл в большой зал, где его терпеливо ждали, и со слезами на глазах произнес: «Господа! Я вам многое хотел говорить…, скажу только, что вы украсили мои седины!..». Через несколько дней Александр I официально возложил на Кутузова командование ополчением Петербургской и Новгородской губерний, а также всеми сухопутными и морскими силами, находящимися в Петербурге, Кронштадте и Финляндии.
Кутузов приступил к организации обороны столицы. Был сформирован специальный воинский корпус, получивший название Нарвского, произведена передислокация войск на самых опасных направлениях, усилено их инженерное оборудование, пополнены припасы, начато строительство новых оборонительных укреплений. Одновременно шла работа по формированию ополченского войска: принимали ратников, собирали пожертвования, при этом помещиков, которые выставляли своих крепостных для ополчения, обязали обеспечить обработку полей ушедших воевать, платить за них подати, обеспечить их провиантом и жалованием. Численность ополчения вскоре составила около 13 тысяч человек, оно делилось на дружины, причём Кутузов требовал, чтобы в одной дружине находились люди, которые прежде жили рядом, это, по его мнению, должно способствовать взаимовыручке в бою.
Ополченцы проходили специальное обучение стрельбе, строю, приёмам обращения с оружием, тактике ведения боя, их нужно было вооружить и разместить. Постепенно все эти задачи решили, и каждый ополченец во время торжественной церемонии получил оружие, а каждая дружина – своё знамя. Затем всё ополченское войско прошло торжественным маршем по Невскому проспекту.
Военные действия французов на петербургском направлении контролировал корпус под командованием П. Витгенштейна, и Кутузов стремился к тому, чтобы объединить силы действующей армии и ополчения. Наполеон, бросив основные силы на Москву, не ожидал большого сопротивления при обороне Петербурга, однако 19-го июля у деревни Клястицы произошёл первый ожесточённый бой, в котором французы потерпели поражение и потеряли около тысячи человек пленными.
Такой поворот событий стал для них огромной неожиданностью, и французское командование вынуждено было воздержаться от активных действий в направлении Петербурга. Для русской же армии победа при Клястицах стала огромным моральным стимулом. Петербургское ополчение, прошедшее первое боевое крещение, 3-го августа принимало присягу на плацу Семеновского полка. На церемонии присутствовал Александр I, перед которым войско прошло торжественным парадом.
Император наконец-то оценил заслуги Кутузова и назначил его членом Государственного совета. Когда же для армии потребовалось назначить авторитетного командующего, в которого верила бы страна, специальный комитет единодушно остановился на Кутузове. Александр I вынужден был с этим согласиться и написал Кутузову письмо по поводу его назначения, где говорилось: «Михаил Илларионович! Известные военные достоинства ваши, любовь к отечеству и неоднократные отличные подвиги приобретают истинное право на сию мою доверенность…»
Осторожный, опытный, настойчивый, хитрый, бесстрастный во время сражений, новый главнокомандующий охотно повторял: «Нет ничего, что стоило бы больше двух солдат – терпения и времени…» Этим принципом и руководствовался М. И. Кутузов в течение всей Отечественной войны 1812-го года, руководя русской армией.
Кутузов дал согласие на своё назначение лишь при условии, что брат императора Александра – Константин будет удалён из армии, ибо Кутузов не может ни наказать его, если он плохо себя поведёт, ни наградить, если он хорошо себя проявит. Кутузов, безусловно, знал, что убеждённый в непобедимости Наполеона великий князь публично высказался за немедленное прекращение военных действий, так как «они не могли продолжаться, потому что русская армия практически более не существует…»
При этом истинное своё отношение к назначению Кутузова Александр I выразил в письме к сестре, где писал: «В Петербурге я нашёл всех за назначение главнокомандующим старика Кутузова: это было единственное желание. То, что я знаю об этом человеке, заставляет меня противиться его назначению, но когда Ростопчин в своём письме ко мне от 5 августа известил меня, что и в Москве все за Кутузова, не считая Барклая-де-Толли и Багратиона годными для главного начальства, и когда, как нарочно, Барклай делал глупость за глупостью под Смоленском, мне не осталось ничего другого, как сдаться на общее мнение».