9-го декабря уцелевшие добрались до Вильно. Бартье писал: «этот день оказался самым тяжёлым… Герцог Беллуно (Виктор) явился в одиночестве… Артиллерия исчезла, так как не было лошадей. Всё было потеряно… У ездовых поморожены руки. Государь, я должен сказать Вам всю правду: армия полностью разгромлена; солдаты бросают ружья, потому что не в силах их держать…
В Вильно французы не имели возможности передохнуть. Голодные, изнурённые, находившиеся в полубессознательном состоянии люди набрасывались на склады продовольствия и винные подвалы и грабили их. Казалось, командиров больше не существовало.
10-го декабря к городу подошёл авангард русской армии, атаман Платов с казаками. Опасаясь появления всей армии Кутузова, маршал Мюрат приказал отступать. Французы после перехода Березина – Вильно имели в распоряжении до 4–5-ти тысяч солдат, присоединившихся к Наполеону позже и бывших в количестве до 23-х тысяч сразу после Березины. До Вильно дошла незначительная часть этих дивизий, основная причина потерь – смертность во время ночных бивуаков. Прикрывать бегство французов с жалкими остатками армии остался маршал Ней.
11-го декабря французы очистили Вильно, куда вскоре въехал император Александр I. В самом городе русские взяли в плен 7 генералов, 10 тысяч пленных и более 5 тысяч в госпиталях, а также немалые запасы провизии.
А. Валлоттон пишет, что Александр I, основываясь на тенденциозных или необъективных докладах, обвинил фельдмаршала Кутузова в том, что тот не уничтожил неприятельскую армию у Березины, но, желая соблюсти приличия, всё же пожаловал ему орден Св. Георгия 1-й степени. Кутузов не заслужил упрёков, он полностью заработал награду; его целью было освобождение России с наименьшими потерями, а не взятие в плен солдат, которых он не смог бы прокормить. «Я хотел прийти к границе с достаточным количеством войск… Я не дам ни одного русского солдата за десять неприятельских», – любил он повторять. Некоторые из его высказываний, удивлявших в то время, показали впоследствии, как далеко и правильно он смотрел.
Дальше Вильно главная русская армия не пошла, дальнейшее преследование осуществлялось казаками, которые оказались приспособленными воевать в отрыве от баз снабжения. Численность русских войск на момент занятия Вильно составляла 27 464 солдат в армии Кутузова и 15 тысяч в армии Чичагова, то есть русские имели подавляющее превосходство над противником. Армия Витгенштейна двигалась севернее, стараясь отрезать корпус маршала Макдональда, который располагался на позициях под Ригой.
Из Вильно французская армия потянулась к Неману. Её постоянно трепали войска Кутузова. В овраге у Понари фургоны с армейской казной, штабными бумагами и трофеями застряли у крутого обледеневшего подъёма. Изнурённые лошади скользили и падали – и тут появились казаки. Тогда солдаты бросились на повозки, вскрыли мешки, взломали денежные ящики, набили золотыми монетами свои карманы, узлы, сделанные из платков, и шапки.
Отстреливаясь от казаков, французы шли к границе Российской империи, городу Ковно (современный Каунас в Литве) на Немане. С 11-го декабря французы стали прибывать в Ковно, через два дня, когда арьергард Нея достиг города, при нём оставалось от 800 до 1500 боеспособных солдат, к которым добавились 400 солдат из гарнизона. Русские обстреливали отряд Нея, часть их даже перебралась на другой берег, чтобы воспрепятствовать переправе.
В Ковно Мюрат сообщил, что передаёт командование Евгению Богарне и покидает армию. Он сказал такие резкие слова о Наполеоне, что возмущённый Даву жёстко ему ответил, что императору всё станет известно, но со словами: «Я не попадусь в этот мешок», король Неаполитанский прыгнул в карету и помчался через Германию и Австрию в столицу подаренного ему Наполеоном Неаполитанского королевства.
14-го декабря вечером маршал Ней перешёл на берег Варшавского герцогства. По словам Клаузевица через Неман с основной армией перешло 1600 человек под ружьём (видимо арьергард Великой Армии под командованием Нея), по прусским источникам через Неман перебралось до 33-х тысяч солдат и офицеров, в большинстве безоружных и в жалком состоянии. Многие из них уже не вернулись в армию Наполеона, дезертировав по домам или умерев в госпиталях.
Перейдя через Неман, генерал Фезенсак писал, что он пересекал Неман в обратном направлении при свете луны, вспоминая блеск солнца и страшную грозу, сопровождавшую начало злосчастного вторжения. Её уже более не существовало – блестящей, неисчислимой и грозной армии, не умещавшейся когда-то на этих равнинах и берегах и в дерзостной гордости собиравшейся вершить судьбы мира. Её более не существовало! Битвы уничтожили её…
Витгенштейн, преследуя 10-й корпус Макдональда, отступающий из-под Риги, вторгся в Пруссию, заключив перед тем соглашение о нейтралитете с командующим прусского корпуса генералом Йорком. На юге Белоруссии австрийская армия также отступила из Российской империи в Польшу.