По возвращении в Токио бывший комиссар госбезопасности 3-го ранга продолжал активно сотрудничать с японской военной разведкой. Японцы определили его на должность эксперта в 5-й сектор (отвечавший за сбор информации о Советском Союзе) 2-го отдела Генерального штаба.
На своих «новых хозяев» Люшков работал так же усердно, как и в Наркомате внутренних дел СССР. Один из сотрудников японских спецслужб вспоминал, что Генрих Самойлович «был очень умен и работал усердно, все время что-то читал и писал… Нередко он трудился сутки без сна… Это был интеллектуал с широким взглядом на мир. Он много знал не только о политике, экономике и военном деле, но и о музыке и литературе». Люшков требовал, чтобы его снабжали всей текущей советской периодикой. Его добросовестность, усидчивость и работоспособность наводили на японских переводчиков настоящий ужас, тот «выдавал на-гора» по сорок листов текста в день. Японские «русисты» просто не успевали переводить все то, что написал бывший чекист.
В другом источнике мы встречаем совершенно иное описание Люшкова: «В нем было что-то демоническое. Под его взглядом хотелось съежиться, спрятаться. Руки и ноги делались вялыми. Вероятно, подобное чувство испытывает кролик, встречаясь взглядом с удавом. Я безоговорочно верил рассказам Люшкова, о том, как он добивался признаний у арестованных оппозиционеров. Ему, конечно же, ничего не стоило загнать иголку человеку под ноготь или прижечь тело горящей папиросой». Это уже не портрет интеллектуала.
В начале 1941 года Люшкова перевели на работу в гражданское учреждение «Това кенку дже» (Бюро по изучению Восточной Азии), являющееся фактически филиалом японской военной разведки. В обязанности входило изучение и анализ агентурных материалов, сведений радиоразведки и приграничных наблюдательных пунктов, а также показаний перебежчиков из Советского Союза. На основе этих материалов бывший чекист готовил аналитические сводки о положении в СССР. Так, в частности, Люшков подготовил критические заметки к «Краткому курсу истории ВКП(б)», проанализировал материалы стенографического отчета XVIII съезда партии[277].
Японцы активно использовали Люшкова и в пропагандистской войне против СССР. Подготовка антисоветских пропагандистских материалов и документов концентрировалась в 8-м секторе разведывательного отдела японского Генштаба. Сотрудники этого сектора привлекали в качестве эксперта Люшкова. При его участии было подготовлено несколько радиовыступлений, которые в дальнейшем японцы распространяли с передвижных радиостанций и громкоговорительных установок на территорию Советского Союза. В конце 1942 — начале 1943 г. по просьбе японского командования Люшков неоднократно выезжал в районы действия Квантунской и Корейской армий. Здесь он участвовал в разработке разведывательных и контрразведывательных операций, направленных против советских спецслужб.
К этому времени уже мало кто знал, что этот эксперт по Советам, работающий в «Това кенку дже» в недалеком прошлом бывший чекист, комиссар госбезопасности 3-го ранга и орденоносец Генрих Самойлович Люшков. Благодаря японской разведке Люшков получил новые документы на имя некоего Маратова, обзавелся несколькими квартирами в разных районах Токио, постоянно переезжая с одной на другую. Маратова-Люшкова постоянно сопровождала вооруженная охрана (японцы всерьез опасались за жизнь перебежчика). Обустроена была и личная жизнь бывшего начальника УНКВД. Его познакомили с вдовой-японкой, которая в прошлом жила во Владивостоке и немного говорила по-русски. Теперь все свободное время Люшков проводил в окружении этой женщины, четырех полицейских охранников и личного переводчика. Если приходилось выезжать на материк, то, как правило, Люшкова снабжали документами на другое имя. Так, во время своей командировки в 1944 году в Харбин он проживал в гостинице «Нью-Харбин» под видом японского служащего Като Тадаси[278].
В течение 1941–1945 гг. 2-й отдел Квантунской армии постоянно просил руководство Генштаба направить Люшкова в их распоряжение. Разведке Квантунской армии, которая, являлась «форпостом борьбы с советским шпионажем», требовался опытный эксперт и аналитик, знакомый с оперативной работой органов НКВД. Вплоть до начала лета 1945 года из Токио шли отказы, и Люшков лишь несколько раз выезжал в Маньчжурию. Высшие чины японской разведки опасались за жизнь бывшего чекиста. Ведь возможности советской разведки в Маньчжоу-Го были значительными, и Люшкова могли убить или похитить и тайно вывезти в СССР.