Русские пытались вести с Пекином дипломатические переговоры. Этим озаботилась даже далекая Москва, притом что обмен информацией между нею и Дальним Востоком в то время был крайне затруднен. Китайцы вели переговоры в характерном для них стиле, исходя из концепции Срединного государства: все некитайцы воспринимались ими как варвары, обязанные платить императору дань и изъявлять ему полную покорность. Впервые узнав от русских делегатов о существовании Енисейска и Якутска, они предложили провести русско-китайскую границу рядом с этими городами, что увеличило бы территорию Китая раза в три. Переговоры немедленно зашли в тупик. В начале 1685 года император Канси издал ультимативный указ, требуя, чтобы русские «побыстрее вернулись в Якутск, который и должен служить границей». В Айгуни были сосредоточены более 15 тыс. солдат и 150 орудий. Большая часть этих сил в середине июня подошла к Албазину и начала его штурм. Гарнизон, которым командовал воевода Алексей Толбузин, насчитывал всего 450 человек без единой пушки. Взять острог штурмом противник не сумел, но и гарнизон был не в состоянии выдерживать долгую осаду. Толбузин договорился о свободном пропуске своих людей, в том числе детей и женщин, в Нерчинск (город в нынешней Читинской области). Туда удалось эвакуировать более 600 человек. Как только цинские войска покинули Албазин, нерчинский воевода Иван Власов принял меры по возвращению острога. Уже к концу августа Албазин снова стал русским. Весной 1686 года Канси приказал своим войскам захватить и Албазин, и Нерчинск. В июле пятитысячное войско противника с 40 орудиями опять подошло к Албазину, гарнизон которого составлял чуть более 800 человек (включая крестьян).
В самом начале осады от китайского ядра погиб Толбузин, и командование принял Афанасий Бейтон. Русские устраивали активные вылазки, нанося противнику серьезный урон. Однако к маньчжурам постоянно подходили подкрепления, и к октябрю их численность достигла 10 тыс. Русских же в Албазине к декабрю осталось около 150 (боевые потери не превысили 100 человек, но более 500 умерли от цинги). Тем не менее гарнизон не сдавался, и маньчжуры, потерявшие свыше 2,5 тыс. человек, вынуждены были начать переговоры (в Пекин как раз прибыло посольство из Москвы, направленное еще в конце 1685 года). В мае 1687-го вражеские войска отступили от Албазина. «Брестская крепость» на Амуре выдержала осаду, проявив беспримерный героизм.
Но в августе 1689 года Албазин был оставлен русскими, его укрепления уничтожены. Это стало следствием Нерчинского договора о русско-китайской границе. С русской стороны его подписали глава московского посольства Федор Головин и воевода Власов. Цинский посол, участвовавший в переговорах, подошел к Нерчинску с пятитысячной вооруженной свитой. У русских было втрое меньше войск, поэтому договор в значительной степени навязан им силой. Вдобавок русский, латинский и маньчжурский варианты документа не совпадали по содержанию, даже количество статей в них разнилось. Граница устанавливалась по рекам Аргунь и Горбица, а от верховьев последней - по вершинам Станового хребта до моря. Обмен картами осуществлен не был. В общем, юридическая ценность договора оказалась сомнительной. Однако в соответствии с ним Китай получил солидное приращение территории, о чем и доложили императору китайские чиновники: «Земли, лежащие на северо-востоке на пространстве нескольких тысяч ли и никогда раньше не принадлежавшие Китаю, вошли в состав Ваших владений». А вот как сегодня трактует события официальное издание Академии военных наук КН- «Военная история Китая» (1992). «Царская Россия, воспользовавшись Нерчинским договором, уступленный китайской стороной район к востоку от Байкала до Нерчинска включила в состав своей территории. Факты свидетельствуют, что царская Россия - агрессор, Китай - жертва агрессии. Китай в тех исторических условиях не мог не пойти на серьезные уступки, а царская Россия извлекла для себя серьезные выгоды». То есть, получается, это они уступили нам, а не мы им.