До этого Военные советы и комиссары существовали лишь в годы гражданской войны, когда они были созданы для обеспечения контроля коммунистов за деятельностью командного состава, в значительной части состоявшего из бывших офицеров царской армии. В 1937 году члены партии составляли 90 % командного состава. Комментируя возрождение в армии двоевластия, Троцкий писал: «Военные советы 1937 года имеют задачей помочь олигархии, поднявшейся над революционным классом, оградить узурпированную ею власть от покушений со стороны её собственных маршалов и генералов» [1001].
6 мая был арестован бывший начальник Управления ПВО Медведев, исключённый в 1934 году из партии и работавший перед арестом заместителем начальника строительства больницы. Его арест, как сообщил в 1939 году следователь по делу Медведева Радзивиловский [1002], был осуществлён по распоряжению Ежова «с расчётом начать от него раздувание дела о военном заговоре в РККА» [1003].
Согласно показаниям Радзивиловского, заместитель наркома внутренних дел Фриновский потребовал от него «развернуть картину о большом и глубоком заговоре в Красной Армии… с раскрытием которого была бы ясна огромная роль и заслуга Ежова и Фриновского перед лицом ЦК» [1004].
В начале мая начал давать признательные показания Примаков. Это произошло после его вызова на заседание Политбюро, где, по его словам, он «продолжал запираться и всячески уменьшать свою вину». Тогда Сталин заявил: «Примаков — трус, запираться в таком деле — трусость». После этого Примаков написал заявление Ежову, в котором заявил о готовности дать показания о своей «троцкистской работе». Вначале он ограничился признанием своих преступных «связей» с уже арестованными Шмидтом и Путной и расстрелянными Мрачковским и Дрейцером. 14 мая Примаков назвал в качестве «соучастника» Якира, которого «троцкистская организация» якобы намечала на пост наркома обороны. Спустя ещё неделю Примаков дал показания о том, что во главе заговора стоял Тухачевский, который был связан с Троцким. На том же допросе Примаков назвал имена ещё 40 видных военных работников, принимавших участие в «военно-троцкистском заговоре» [1005].
Как явствует из материалов следственного дела Примакова, в мае — июне 1937 года он, наряду с фантастическими сведениями о «фашистском заговоре», сообщил на следствии о действительных настроениях многих командиров, связанных с недовольством, во-первых, насильственной коллективизацией и её последствиями (уничтожение скота, разорение деревни, отсутствие «хозяйской руки» в крестьянском хозяйстве) и, во-вторых, деятельностью Ворошилова в армии. Так, по словам Примакова, комкор Н. В. Куйбышев говорил: «Ворошилову нужны либо холуи, вроде Хмельницкого, либо дураки, вроде Кулика, либо на всё согласные старики-исполнители, вроде Шапошникова» [1006].
В эти же дни были получены показания Путны о передаче им в 1935 году Тухачевскому письма от Троцкого, после чего Тухачевский якобы сказал Путне, что «Троцкий может на него рассчитывать». Путна назвал большое число участников «военной троцкистской организации», которые немедленно были арестованы. В их числе находились будущие подсудимые процесса генералов Эйдеман, Фельдман и Корк. Двое последних, по-видимому, проявили наибольшую готовность к сотрудничеству со следствием и судом. Об этом свидетельствует тот факт, что их выступления на процессе заняли соответственно 12 и 20 листов стенограммы, тогда как допросы остальных подсудимых проходили в вопросно-ответной форме [1007].
14 мая было принято постановление Политбюро о снятии Корка с его поста (без обозначения мотивов этого решения), а 15 мая — отменено принятое месяцем раньше постановление о назначении Фельдмана заместителем командующего войсками Московского военного округа. 20 мая было отменено назначение на новый пост Якира, Уборевич был переведён на пост командующего войсками Среднеазиатского военного округа, а Гамарник — на пост члена Военного совета того же округа. 22 мая Эйдеман был освобождён от обязанностей председателя Осоавиахима. В тот же день из состава Военного Совета при наркоме обороны было выведено 8 человек (в том числе Корк и Фельдман) в связи с их увольнением из РККА или же с освобождением от занимаемых должностей. Решение об исключении из Военного Совета ещё пяти человек, в том числе Тухачевского и Эйдемана, было принято после их ареста — 26 мая. 3 июня такое же решение было принято в отношении ещё пяти арестованных, в том числе Якира и Уборевича [1008].
После получения протоколов допросов Корка и Фельдмана о подготовке военного переворота Сталин, Молотов, Каганович и Ворошилов (только этих трёх членов Политбюро Сталин допускал к ознакомлению с материалами следствия) дали санкцию на арест Тухачевского, который произошёл 22 мая.