Вообще были образованы три независимые структуры: Главное управление контрразведки СМЕРШ Народного комиссариата обороны СССР, которое возглавил В. С. Абакумов; Управление контрразведки СМЕРШ Народного комиссариата Военно-морского флота СССР под руководством П. А. Гладкова; Отдел контрразведки (ОКР) СМЕРШ НКВД СССР, начальником которого стал С. П. Юхимович.
Основной задачей службы контрразведки являлась борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок в частях Красной армии и ВМФ, а также в тылу. Эта работа была направлена как на профессиональных немецких разведчиков и диверсантов, прошедших длительную подготовку, так и на завербованных агентов.
Напомню, что в первые недели войны в немецкий плен попало огромное количество советских военнослужащих, из числа которых подбирались люди, соглашавшиеся на сотрудничество с вермахтом. Затем они направлялись в советский тыл прежде всего для сбора разведывательной информации.
Однако готовность военнопленных поступить на службу к вермахту была обусловлена отнюдь не ненавистью к товарищу Сталину, как сегодня можно прочитать у ряда исторических публицистов. Большинство красноармейцев попадали в плен в силу трагически сложившихся обстоятельств, когда в результате стремительного продвижения германских войск в окружении оказывались целые армии. Поэтому говорить о том, что все они сдавались из-за желания противостоять советскому строю, будет по меньшей мере преувеличением.
Достаточно большая часть таких агентов давали согласие на вербовку лишь для того, чтобы вернуться на родину, сдаться и таким образом спастись.
Все лица, возвращающиеся из плена, проходили обязательную проверку, так называемую фильтрацию, которую с 1941 года осуществляли особые отделы НКВД, а после образования органов контрразведки – СМЕРШ.
О том, как это происходило, рассказывает доктор юридических наук, начальник управления регистрации архивных фондов ФСБ России В. С. Христофоров: