Командир базы составил специальный график отхода частей с занимаемых островов и позиций, их прикрытия, а также уничтожения ценных объектов. Отход и погрузку планировалось начать 30 ноября и провести в течение двух с половиной суток.
Начался отвод частей с переднего края — самая ответственная задача, от исполнения которой зависел исход последнего этапа. С переднего края отводились 335-й и 219-й стрелковые полки. Для прикрытия отхода в первой траншее осталось 310 бойцов при 36 ручных пулеметах, их должны были поддерживать три 152-мм батареи 343-го артиллерийского полка, часть 76-мм полевых пушек, 7 танков Т-26 и 11 пулеметных танкеток. Командовал всеми силами прикрытия начальник штаба 335-го стрелкового полка майор С.М. Путилов. На втором боевом участке у генерала И.Н. Дмитриева оставались 200 бойцов с ручными и станковыми пулеметами. Все береговые, железнодорожные и зенитные батареи обслуживались сокращенными расчетами. С островов была снята половина отрядов.
Днем 30 ноября на турбоэлектроход грузились части из состава вторых эшелонов и некоторые подразделения береговой артиллерии. Погрузка на транспорты личного состава продолжалась и в течение следующего дня, одновременно в трюмы грузили продовольствие и боезапас. Тральщики Т-205, Т-218 и «Ударник» 30 ноября и 1 декабря перевозили из гавани на «И. Сталин» мешки с мукой.
На транспорт № 538 погрузили 8 танков Т-26, две бронемашины, 8 45-мм орудий, 8 76-мм полевых орудий, 4 76-мм зенитки, три зенитных пулемета М-4.
Грузились так, чтобы на Ханко не осталось ни одного человека и врагу не досталось ничего ценного. Так на Т-215 погружено три ящика щеток для коллекторов электромоторов подводных лодок, два гребных винта для подводных лодок, на Т-205 «Гафель» погрузили 900 кг олова, 850 кг баббита и даже 765 м серого драпа.
Транспортные возможности кораблей и судов пришлось намного превысить. Погрузка была предельно плотной, никакими нормами, разработанными в мирное время, не измерить. В перегрузке кораблей и судов был свой риск, но иного выхода не оставалось.
Чтобы ничего не досталось врагу, корабли пополняли запасы топлива, продовольствия. «Стойкий» принял с нефтеналивной баржи 45 т мазута. «Славный» подошел к острову Руссаре и, встав на якорь, перегрузил с острова оставшийся боезапас батарей. Канлодки «Волга» и «Лайне» погрузили оставшийся в базе уголь.
Почти все катера ОХРа и малые плавсредства базы были затоплены, а их команды перешли на борт «Лайне». Только катера ОР-9 и ОР-10 вышли с Ханко с отрядом П.В. Шевцова.
Во второй половине дня 2 декабря была уничтожена материальная часть артиллерии. Сначала все батареи — береговые, полевые и зенитные — открыли огонь по заранее намеченным целям. Стоял сплошной грохот. Расстреляв боезапас, артиллеристы взрывали установки. К 16 часам батареи были ликвидированы: все взорвано или утоплено. Наступила тишина. Финны также не стреляли. Начался отход прикрытия, завершалось минирование дорог, дотов, дзотов и зданий. К этому часу командование, политотдел, штабы и тылы покинули свои КП и прибыли на остров Густавстверн, где был организован последний командный пункт. Группы прикрытия начали отходить с переднего края в 16 часов 2 декабря. К 18 часам в порт прибыли последние танки и автомашины с группами прикрытия. Люди поднялись на корабли, а технику сбросили в воду.
Последними отходили саперы и подрывники, минировавшие дорогу и устанавливавшие «сюрпризы». Отдельные части противника, видимо, обнаружив отход наших гарнизонов, начали занимать острова и вести пулеметный обстрел отходящих войск.
Противник в течение суток 2 декабря периодически вел обстрел рейда и гавани Ханко, был подбит один «малый охотник». Эсминцы вынуждены были менять места стоянок.
В то время как шла погрузка, Т-205 «Гафель» получил приказ снять оставшиеся войска с Осмуссаара. В 17.55 1 декабря он вышел из Ханко и в 21.18 стал на якорь к северо-западу от Осмуссаара. Два катера КМ переправили с острова на тральщик 350 человек. В 1.35 2 декабря Т-205 снялся с якоря и в 4.58 вернулся на рейд Ханко. На острове осталась подрывная партия — 17 человек.
Т-218 в очередной раз вошел в гавань, на него поднялись 480 бойцов и командиров. Тральщик подошел к «И. Сталину», чтобы высадить на него людей, но турбоэлектроход был уже перегружен и больше не мог принять. Т-218 стал на якорь, к нему подошел «Шпиль» (Т-207) и взял 120 человек. «Славный» принял 659 человек, «Стойкий» — около 500. Т-217 принял 215 человек.
На Ханко в день оставления базы находилась авиационная эскадрилья в составе 8 самолетов-истребителей. Ее задача — прикрыть стоянку кораблей и в 14.30 2 декабря вылететь на восток с расчетом прибытия на аэродром Бычье поле (Кронштадт) засветло.