За эти дни флот лишился линкора «Марат», лидера «Минск», эсминца «Стерегущий», сторожевого корабля «Вихрь», канонерской лодки «Пионер», подводной лодки М-74. Линкор «Октябрьская Революция», крейсер «Киров», три эсминца, минный заградитель и еще ряд кораблей получили повреждения. Из трагических событий сентября 1941 г. командование сделало соответствующие конструктивные выводы. За все оставшиеся годы блокады Ленинграда на Неве и в Кронштадте ничего подобного советская ПВО противнику уже не позволила, хотя скученно стоявшие без движения корабли представляли собой идеальные мишени.
Что касается потопленных кораблей, напомним, что «Марат» уже с осени 1941 г. использовался как плавучая батарея, «Минск» и «Стерегущий» были подняты, восстановлены и вступили в строй.
Задача уничтожить корабли Балтийского флота с воздуха оказалась непосильной для немецкой авиации.
Одновременно с ударами авиации по нашим кораблям фашистское командование сосредоточило в устье Финского залива эскадру крупных кораблей. Гитлера преследовала навязчивая идея (выраженная уже в директиве № 21). Она состояла в том, что крупные советские корабли попытаются пробиться в шведские порты, чтобы там интернироваться. Фюрер приказал не допустить этого любыми средствами. В соответствии с данным приказом 20 сентября, когда немецкая армия достигла уже предместьев Ленинграда, был сформирован «Балтийский флот». К Аландским островам пришли под командованием вице-адмирала Цилиакса линейный корабль «Тирпиц», тяжелый крейсер (карманный линкор) «Адмирал Шеер», легкие крейсера «Кельн», «Нюрнберг» с эсминцами Z-25, Z-26, Z-27, 2-й флотилией миноносцев (в составе 5 единиц) и 3-й флотилией ТКА. Южная группа — легкие крейсера «Эмден», «Лейпциг» и торпедные катера — передислоцировалась в Либаву.
Это был единственный случай, когда немцы вывели в Балтийское море свои крупные надводные корабли в таком количестве, намереваясь использовать их против советского флота.
Несколько дней спустя выяснилось, что советские линкоры и крейсера стоят в Ленинграде и Кронштадте, ведут огонь по немецким войскам и никуда прорываться не собираются. После этого «Балтийский флот» был расформирован. «Тирпиц», «Адмирал Шеер», два эсминца и пять торпедных катеров вернулись в Германию.
25 сентября командующий Группой армий «Север» генерал-фельдмаршал фон Лееб отдал приказ о прекращении наступательных действий. 27 сентября фронт под Ленинградом стабилизировался.
Немцы и финны просматривали рейды и гавани Кронштадта с обоих берегов, держать там крупные корабли было крайне опасно. Военный совет КБФ принял решение перевести корабли, в первую очередь поврежденные, в Ленинград, а в Кронштадте держать часть сил, обеспечивающих боевую деятельность.
В ночь с 23 на 24 сентября крейсер «Киров» перешел в Ленинград и встал к правому берегу Невы у 19-й линии Васильевского острова. 30 сентября в Ленинград ушли эсминцы «Гордый» (на Балтийский завод для ремонта) и «Сильный», 1 октября — «Суровый», а затем и отряд заграждения. 3 октября был отбуксирован в Ленинград к Балтийскому заводу «Грозящий».
Стоянка в блокированном городе не лучшим образом действовала на экипажи кораблей. В приказе комфлота № 05 от 18 октября по результатам проверки кораблей отмечалось, что на ряде кораблей личный состав находится в грязном обмундировании, не брит и не стрижен, помещения не убираются, окурки по всему кораблю, боевая подготовка не проводится. Этим же приказом поручалось сформировать и обучить строевые подразделения из расчета: линкор «Октябрьская Революция» и крейсера — по батальону, «Марат» — две роты, лидеры и эсминцы — по одной роте.
23 октября ушел в Ленинград линкор «Октябрьская Революция». До 22 октября корабль, находясь в Кронштадтской гавани, провел 110 стрельб, выпустив 880 снарядов главного калибра. По целям в районе Нового Петергофа были выпущены 133 120-мм снарядов. По оценкам армейского командования, линкор уничтожил несколько батарей (в том числе три — тяжелых орудий), бронетанковых и автомобильных колонн, много живой силы.
Для упорядочения организации и наилучшего содействия Ленинградскому фронту приказом командующего КБФ от 29 сентября МОЛ и ОР была расформирована и создана Ленинградская военно-морская база, в которую вошли Отряд кораблей р. Невы, ОВР Невской губы, отряд особого назначения (12 транспортов и 5 ледоколов), дивизион железнодорожной артиллерии, Укрепленный сектор р. Невы, НИМАП и другие подразделения. Командиром ВМБ назначен контр-адмирал Ю.А. Пантелеев.