Вечером и ночью 23 июля серьезно пострадал московский метрополитен. Одна крупная авиабомба пробила перекрытие тоннеля на перегоне Смоленская – Арбат, другая попала в эстакаду метромоста неподалеку, а третья разорвалась у входа в вестибюль у Арбатской площади. Пострадало более 100 человек, из которых 60 погибло. Наибольшие жертвы вызвала паника, возникшая на лестнице эскалатора. На восстановление последствий этой бомбардировки ушло двое суток В ту же ночь не менее 76 авиабомб различного типа упали в Кремле и на Красной площади, загорелся один из корпусов больницы им. Боткина, но пожар удалось погасить.
В последующих ударах общая численность бомбардировщиков, принимавших в них участие, сократилась.
Командиры немецких авиакорпусов на Восточном фронте и главное командование сухопутных войск противились выделению большого числа самолетов, ссылаясь на оперативные нужды своих секторов фронта. Так, 25 июля группу I/KG55 задействовали для удара по сосредоточению советских войск в районе Дорогобужа, где она потеряла два опытных экипажа. Вечером этого же дня часть перебазировалась под Житомир, прекратив действия на центральном направлении. Днем 25 июля эскадра KG4 готовилась к вылету на Москву, но за час до старта поступил приказ заменить фугасные бомбы в бомбоотсеках на мины и «атаковать советские морские силы в фарватере Эзеля» В результате на бомбардировку советской столицы устремилось только три He111 из I/KG28, а в следующую ночь – 65 машин
Попытаемся оценить потери немцев в результате налетов на Москву. В первую ночь не менее 6-7 самолетов эскадры KG53 получили серьезные повреждения от огня зениток или истребителей (в отчете зафиксированы машины с зав. номерами 4010, 4177, 4254 и 5672), но все они благополучно долетели до своих аэродромов в районе Минска (Дубицкая Слобода, Мачулище, Борисов). 24 июля удача отвернулась от соединения: утром при столкновении с препятствием около Орши почти полностью погиб (лишь бортмеханика отправили в госпиталь) экипаж лейтенанта К. Сахсе (К. Sachse) из II группы, а вечером самолет III/KG53 был сбит прямым попаданием зенитного снаряда. В тот же день разбился около Барановичей «хейнкель» из I/KG28; только чудом обошлось без жертв. Имелись потери и в других частях. Не будет ошибкой утверждать, что еще шесть – семь самолетов, участвовавших в налете на Москву, немцам пришлось списать.
Несмотря на недостатки в действиях советской ПВО, приятной прогулки в небе Москвы у асов люфтваффе не получилось. Многие из них отмечали, что им удавалось относительно легко уклоняться от перехвата ночными истребителями русских, а вот мощный огонь зенитных орудий часто вынуждал прекращать выполнять задание. В настроении экипажей, которые участвовали в налетах на советскую столицу в конце июля, уже не было эйфории, наблюдавшейся неделю назад. Командир отряда 1/KGr100 обер-лейтенант Г. – Г. Бетхер (H. – G. Baetcher) (впоследствии стал одним из наиболее известных летчиков бомбардировочной авиации, выполнил 658 боевых вылетов, из них 642 на советско-германском фронте, 16 раз атаковал советскую столицу) вспоминал: «Из всех вылетов, которые я совершил на Востоке, самыми трудными оказались ночные налеты на Москву. Зенитный огонь был очень интенсивным и велся с пугающей кучностью»
Желая поднять моральный дух личного состава частей 2-го воздушного флота, командование люфтваффе старалось пропагандировать успешные и самоотверженные действия. Таким примером стала благополучная посадка ранним утром 26 июля 1941 г. Ju88A-5 (№ 884406) из 5/KG3 на аэродром Орша-южный. Казалось, что после попадания зенитного снаряда бомбардировщик невозможно удержать в воздухе. Подбитую машину с парашютами покинули командир-штурман обер-лейтенант Р. Гуль (R. Guhl) и радист, но оба погибли. Тогда пилот обер-фельдфебель В. Бендер (W. Bender), несмотря на серьезное ранение плеча, сумел справиться с управлением и, преодолев немалое расстояние, спас не только жизни свою и стрелка, но и самолет. Командир 3-й бомбардировочной эскадры полковник В. фон Шамье-Гличински (W. von Shamier-Glisczinski) вручил летчику «Рыцарский Крест», приехав в госпиталь. Насколько известно, это был единственный случай награждения пилота столь высокой наградой за участие в бомбардировках Москвы.
Отчаянное сопротивление советских войск и изменение направления главного удара вынудили группу армий «Центр» 30 июля временно перейти к обороне. Верховное командование вермахта, как свидетельствует директива № 34, отказалось от планов захвата Москвы с ходу. Но воздушное наступление на столицу было решено продолжить мелкими группами и одиночными самолетами. Им ставилась задача – держать в постоянном напряжении силы советской ПВО.