Все эти задачи флотилия должна была решать в тесном взаимодействии с войсками 14-го стрелкового корпуса, в оперативное подчинение которого она передавалась.
К началу войны Дунайская флотилия имела в своем составе следующие корабельные силы: дивизион мониторов («Ударный», «Мартынов», «Ростовцев», «Железняков», «Жемчужин»), дивизион бронекатеров (22 единицы проекта 1125), отряд катеров-тральщиков (типа Р – 5 единиц, деревянных – 2 ед.), отряд полуглиссеров (6 единиц), минный заградитель «Колхозник», штабной корабль «Буг», плавучую мастерскую ПМ-10, госпитальное судно «Советская Буковина», два колесных буксира, а также 12 различных катеров и шхун. Кроме корабельных сил, в состав флотилии входили 96-я истребительная авиаэскадрилья, 46-й отдельный зенитный артиллерийский дивизион, 7-я рота морской пехоты, отдельная местная стрелковая рота, 17-я пулеметная рота, а также Дунайский сектор береговой обороны в составе шести батарей береговой артиллерии (152-мм подвижной № 725, 152-мм подвижной № 724, 130-мм стационарной № 717, 45-мм противокатерной подвижной № 65 и 75-мм стационарной № 7). Флотилии оперативно подчинялся дивизион морской пограничной охраны НКВД (до 30 катеров, в том числе четыре типа МО-2). Командовал флотилией контр-адмирал И. О. Абрамов.
И все же советская речная флотилия существенно уступала румынской. Прежде всего противник располагал семью мониторами. Несмотря на свой почтенный возраст (самые «молодые» из них уже отслужили более четверти века), они явно превосходили по огневой мощи советские мониторы типа «Железняков»: два-три 120-мм орудия против двух 102-мм. Лишь монитор «Ударный» имел на вооружении два 130-мм орудия.22 июня 1941 года в 02:00 по приказанию Наркома ВМФ Дунайская военная флотилия перешла на оперативную готовность № 1. Но еще 17 июня, в соответствии с поставленными ей ранее задачами, она осуществила оперативное развертывание своих сил. В этот же день в Рени перебазировалась группа кораблей в составе трех мониторов, отряда бронекатеров и двух катерных тральщиков. Ренинская группа должна была совместно с 724-й батареей флотилии и полевой артиллерией сухопутных войск не допустить прорыва речных сил противника вниз по реке. Кроме того, на нее возлагалась задача содействия войскам корпуса при отражении наступления румын на Джурджулешты.
Остальные корабли и суда рассредоточились в Кислицкой протоке. В районе кордона Раздельный и устья реки Репиды установили дозоры из бронекатеров. Оборона участка Дуная от Килии до устья возлагалась на 4-й Черноморский отряд пограничных судов НКВД, вошедший в состав Дунайской флотилии 22 июня в 23:30.
Начиная военные действия в нижнем течении Дуная противник, поставив своей ближайшей задачей форсировать реки Дунай и Прут. Только за первую неделю войны румынские войска сделали до десяти попыток форсировать эти реки. Все они были отражены Дунайской военной флотилией и войсками 14-го стрелкового корпуса [284] .
Понимая, что задачу форсирования реки невозможно решить, пока существует советская флотилия, румынское командование стремилось уничтожить ее огнем корабельной и береговой артиллерии, а также ударами с воздуха. Начиная с рассвета 22 июня вражеские артиллерийские батареи, расположенные в Галаце, Исакче, Тульче и других районах, начали обстрел кораблей, судов, береговых батарей и других объектов Дунайской флотилии. В обстреле принимали участие два румынских монитора, занимавшие позицию в Тульчинском гирле. Бомбардировочная авиация румын производила налеты на главную базу флотилии Измаил, а также на Килию и Вилков. Только благодаря своевременному рассредоточению и искусной маскировке кораблей, судов и береговых объектов противнику не удалось нанести существенные потери нашей флотилии своими артиллерийскими обстрелами и бомбовыми ударами с воздуха.