В оперативное подчинение 2-го Украинского фронта поступали также Дунайская военная флотилия под командованием контр-адмирала Г. Н. Холостякова и 83-я отдельная морская стрелковая бригада. Кроме того, из своего резерва Ставка выделила фронту 9-ю гвардейскую армию, которая выделялась уникальной для того периода укомплектованностью — 10–11 тысяч человек в дивизии — и отборным качеством человеческого материала. Дело в том, что в октябре 1944 года армия формировалась как Отдельная воздушно-десантная в составе 37, 38, 39-го гвардейских десантных корпусов и «была полностью укомплектована хорошо подготовленными кадрами офицерского, сержантского и рядового состава, который прошел курс обучения ведению боевых действий в тылу врага». Для чего такая армия понадобилась Сталину, история умалчивает. Однако 18 декабря того же года велено было в двухмесячный срок переформировать ее в общевойсковую. Корпуса и дивизии стали именовать стрелковыми. Армии выдали крупнокалиберную артиллерию и реактивные установками, три полка самоходок СУ-76, автотранспорт, лошадей и прочее положенное пехоте по штату вооружение и имущество. Командующим назначили Героя Советского Союза генерал-полковника В. В. Глаголева, который, согласно характеристике, «отличался решительностью, хладнокровием в сложной боевой обстановке и непреклонной волей в достижении поставленных целей». В общем, народ в армии подобрался отчаянный, сегодня сказали бы, безбашенный.
Войскам маршала Малиновского в предстоящей операции отводилась главная роль. Директивой № 11027 2-му Украинскому фронту предписывалось силами 9-й и 7-й гвардейских, 53-й общевойсковой и 6-й гвардейской танковой армий и конно-механизированной группы подготовить удар севернее Дуная на Нове-Замки, Малацки, Зноймо. Одновременно вдоль правого берега Дуная должна была наступать 46-я армия, усиленная 2-м гвардейским механизированным корпусом и артиллерийской дивизией РГК. Перед Малиновским была поставлена задача освободить Братиславу, не позднее двадцатого дня операции занять Брно, Зноймо и во взаимодействии с 3-м Украинским фронтом овладеть Веной. В дальнейшем предусматривалось развивать наступление в общем направлении на Пльзень.
3-й Украинский фронт должен был силами 4-й гвардейской, 26-й и 27-й армий, усиленных тремя артдивизиями прорыва, ударить из района Секешфехервара, в направлении на Папа, Сомбатхей, разбить группировку противника севернее озера Балатон и через две недели выйти на австро-венгерскую границу. Одновременно южнее озера Балатон с целью овладеть нефтеносным районом Надьканижа переходила в наступление 57-я армия генерал-полковника М. Н. Шарохина. В дальнейшем предполагалось главными силами фронта развивать удар в направлении Винер-Нёйштадт, Санкт-Пёльтен для содействия войскам 2-го Украинского фронта в овладении Веной. Оперативно подчиненную маршалу Толбухину 1-ю болгарскую армию, которой командовал генерал-лейтенант Владимир Стойчев, приказывалось использовать для обеспечения левого крыла фронта, развертывая ее по северному берегу реки Дратва. Левее ее действовала 3-я югославская армия под командованием генерал-лейтенанта Косты Наджа.
Начало наступления намечалось на 15 марта. Подготовка к нему развернулась незамедлительно. Координация действий двух фронтов возлагалась на маршала С. К. Тимошенко. Однако через несколько дней обстановка изменилась.
17 февраля противник из района Комарно нанес внезапный удар по войскам 7-й гвардейской армии, оборонявшим плацдарм на правом берегу реки Грон севернее Эстергома. 24 февраля армия вынуждена была отойти на левый берег, а генерал М. С. Шумилов «за беспечность и плохую организацию обороны» получил персональный выговор от Верховного Главнокомандующего. Советские источники утверждают, что враг бросил в бой около 400 танков и штурмовых орудий, чего, учитывая состояние немецких дивизий, быть физически не могло. Но не важно, чем оправдывают свое поражение генералы — плохой погодой или могутностью противника. Настоящей сенсацией стала новость об участии в немецком контрударе 1-й и 12-й танковых дивизий СС. Это означало, что в Западной Венгрии материализовалась 6-я танковая армия СС.
Наши стратеги ожидали ее где угодно — непосредственно на берлинском направлении, на флангах у Конева или Жукова, — но только не здесь. Впрочем, аналогично мыслили англо-американцы. Так, 20 февраля начальник штаба американской армии Джордж Маршалл сообщил начальнику Генштаба генералу А. И. Антонову, что противник готовится к контрнаступлению и создает на Восточном фронте две группировки: одну — в Померании для удара на Торн, другую — в районе Вена, Моравска-Острава для наступления в направлении Лодзи. При этом в южную группировку предполагалось включение 6-й танковой армии СС. Похожие сведения ранее поступили и от английского командования. Начальник штаба фронта генерал С. П. Иванов рассказывает, что, когда он должил в Москву о сосредоточении крупной танковой группировки врага в районе озера Балатон, его сочли мистификатором: