Геннадий Эдуардович перебрался из Белого дома в бывшее здание ЦК на Старой площади и занял знаменитый кабинет на пятом этаже, где когда-то сидел всевластный член политбюро Михаил Андреевич Суслов. В этом кабинете сходились все нити управления страной.
Бурбулис получил право самостоятельно назначать заместителей министра и управлять действиями вице-премьеров. Причем Бурбулис руководил не только правительством, но и администрацией президента. Такой власти не было ни у кого.
Ельцин вспоминает:
«Авторитет Бурбулиса для гайдаровской команды был в то время абсолютно непререкаемым. Все вопросы с президентом министры решали через Геннадия Эдуардовича, то есть заходили в его кабинет, и, если было нужно, он нажимал кнопку и напрямую говорил со мной… Установка гайдаровских министров и самого Егора Тимуровича: ваше дело — политическое руководство, а наше дело — экономика. Не вмешивайтесь, дайте нам работать… Бурбулис, назначенный первым вице-премьером, был в тот момент реальным главой кабинета министров».
Бурбулис привел к Ельцину интеллигенцию, которая покинула Горбачева. Новому президенту взялись помогать видные в стране люди, которые еще недавно весьма резко отзывались о Ельцине.
Вечером 20 августа 1991 года в кабинете Бурбулиса оказался молодой экономист Егор Тимурович Гайдар. В дни путча и состоялось историческое знакомство. Осенью Бурбулис предложил Гайдару организовать рабочую группу для разработки стратегии и тактики экономических преобразований. В эту группу вошли люди, которые потом составят правительство реформаторов.
По вторникам вечером Бурбулис собирал у себя министров за чаем и бутербродами, тут обсуждались и решались все проблемы. Гайдаровские министры потом ностальгически вспоминали дружескую атмосферу единой работоспособной команды. Бурбулис с юности любил футбол, сколотил из членов правительства команду, и по воскресеньям они выходили на поле.
Вся страна запомнила телевизионную трансляцию с шестого Съезда народных депутатов, когда Бурбулис, как тренер спортивной команды, решительно махнул рукой и все правительство вышло, чтобы не слушать оскорбительную речь председателя Верховного Совета Руслана Хасбулатова. Сам Бурбулис говорил потом, что это был «нескромный жест». Но он произвел впечатление своей решительностью.
Став первым вице-премьером, он оказался в центре общественного внимания. Но он не нравился широкой публике! В рациональных терминах это трудно описать. Есть телегеничные люди, сразу располагающие к себе. Бурбулис же на телеэкране проигрывал. И очень туманно рассуждал.
Олег Попцов: «Здесь дело не во внешности, напряженном, неподвижном взгляде совершенно круглых глаз, смуглом, непроницаемом лице аскета. Это даже удивительно, как порой внешность может скрыть и доброту, и чувственность, умение сострадать — все то, что в объемной полноте присуще этому человеку».
Для Геннадия Бурбулиса это было ударом. Какое-то время он пытался завоевать на свою сторону телевидение и прессу. Он первым из российских политиков прибег к услугам профессиональных имиджмейкеров, чтобы они помогли ему обрести симпатии публики. Но увидел, что ничего не получается.
Бурбулис первым из новой правящей элиты пересел в «ЗИЛ», положенный прежде только членам политбюро, ездил с машиной сопровождения, обзавелся многочисленной охраной. Откровенно наслаждался этими атрибутами власти. И в какой-то момент превратился в главную мишень для критики. На него возложили вину за все — за высокие цены, за инфляцию, за потерянные в результате реформ сбережения. Его обвиняли в предательстве национальных интересов, в каких-то придуманных и явно нелепых сделках.
Он руководил правительством всего несколько месяцев. В первые дни апреля 1992 года ушел в отставку. Ельцин уступил давлению депутатов. Но он и сам внутренне был готов избавиться от Бурбулиса. Зачем ему сотрудник, который приносит столько неприятностей? Он понемногу разочаровывался в стратегических талантах Бурбулиса. Многое получалось не так, как предсказывал Геннадий Эдуардович. Требования депутатов были желанным поводом отодвинуть Бурбулиса.
Уходя из правительства, он подписал у президента указ о полномочиях госсекретаря: полномочия казались безбрежными. Это стало известно в обществе и послужило причиной жесточайшей критики. Все советовали президенту избавиться от Бурбулиса. Геннадий Эдуардович — единственный, кто, помимо первого помощника президента Виктора Васильевича Илюшина, мог зайти к Ельцину без доклада. Участвовал во всех важнейших заседаниях правительства и Совета безопасности. Уже находясь в опале, Бурбулис не сдавался и вел изнурительную борьбу за влияние на президента.