У Т.Д. Лысенко выходили также книги «Стадийное развитие растений. Работы по теории стадийного развития и яровизации сельскохозяйственных растений» (1952 г.); «Избранные сочинения» (1953 г.). К 1952 году он напечатал более двухсот статей в газетах. Появилось более 250 публикаций, посвященных Лысенко, его жизни и деятельности, в том числе академика-секретаря отделения биологических наук А.И. Опарина: «Знаменосец передовой советской науки» (Красная Звезда. 1948 г., З0 сент.), «Академик Т.Д. Лысенко — ученый новатор» (Природа. 1948 г., № 12).
Награды и звания. 29 сентября 1948 года Т.Д. Лысенко был награжден орденом Ленина — за выдающиеся заслуги в деле развития передовой науки и большую плодотворную практическую деятельность в области сельского хозяйства (50-летие со дня рождения и 25-летие научной деятельности).
В сентябре 1948 года Одесскому институту селекции и генетики было присвоено имя Т.Д. Лысенко.
8 апреля 1949 года за создание учебника «Агробиология» Т.Д. Лысенко была присуждена Сталинская премия первой степени.
27 октября 1949 года Т.Д. Лысенко был награжден орденом Ленина — за выдающиеся достижения в области сельскохозяйственной науки, в связи с 20-летием Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук имени В.И. Ленина.
21 июня 1950 года Т.Д. Лысенко была присуждена золотая медаль имени И.И. Мечникова — за выдающиеся научные достижения в области биологии Президиумом Академии наук СССР.
Орденом Ленина Т.Д. Лысенко награждался в 1953, 1958, 1961 гг.
В 1952 году Болгарская Академия наук, а в 1959 году Чехословацкая Академия сельскохозяйственных наук избрали Т.Д. Лысенко своим почетным членом.
После сессии ВАСХНИЛ 1948 года в биологии установилась практически монополия мичуринцев. Т.Д. Лысенко занял исключительное, «некритикуемое» положение. Но оно держалось недолго. В 1952 году возобновились нападки на поддерживавшуюся Лысенко теорию отсутствия внутривидовой борьбы за существование и преобразования одного вида в другой. Вместе с научными аргументами критические статьи повторяли стандартные обвинения прежних лет Лысенко в не-дарвинизме. В этой критике участвовали и сторонники Лысенко. По свидетельству Ю. Жданова, Сталин также заметил, что «в этом вопросе <видообразования> товарищ Лысенко, видимо, ошибается и надо его поправить». В том же году Сталин дал указание «ликвидировать монополию Лысенко» и ввести в состав президиума ВАСХНИЛ его оппонентов.
После 1953 года критика Лысенко в печати стала ещё более резкой. Осуждались как теоретические взгляды самого Лысенко, так и поддерживавшиеся им проекты других учёных, реализованные в сталинское время, — травопольная система, план лесозащитных полос. Возобновилась дискриминация мичуринцев «прогрессивным научным сообществом», нападки на них со стороны их политических врагов, уцелевших троцкистов, а также со стороны «полезных идиотов». В июне 1954 года на заседании президиума АН СССР ученый секретарь И. Глущенко, сторонник Лысенко, с возмущением говорил: «В настоящее время статьи сторонников мичуринской биологии не печатают в газетах, журналах; мичуринцев не включают в состав делегаций, в состав бюро отделения биологических наук и т. д.».
Осенью 1955 года в Президиум ЦК КПСС было направлено письмо, подписанное многими научными работниками — как биологами, так и не-биологами[13] — с осуждением деятельности Т.Д. Лысенко и с требованием изменения ситуации в биологической науке.
Определённую роль в ухудшении положения Лысенко сыграли его практические неудачи — провал работ по ветвистой пшенице, начатых ещё при Сталине, и административные просчёты — поддержка ошибочных работ О. Лепешинской.
Но, по-видимому, самым большим политическим «просчётом» Т.Д. Лысенко явилось его прохладное отношение к освоению целины, ставшей для Н. Хрущёва приоритетом сельскохозяйственной политики. Вопрос об освоении целинных земель рассматривался ещё комиссией по разработке долговременной государственной агрополитики под руководством Лысенко- Немчинова, созданной осенью 1946 года. Комиссия отметила, что распашка под пшеницу целинно-залежных земель даст лишь кратковременное увеличение урожая и будет сопровождаться неблагоприятными экологическими последствиями.[14] С точки зрения сегодняшнего дня совершенно ясно, что громадные средства, направленные в своё время на освоение целинных земель Казахстана, было бы гораздо лучше вложить в развитие традиционных сельскохозяйственных районов и русских деревень. Впрочем, врагам русского народа тогда тоже было совершенно ясно, что нужно делать всё наоборот — труд русских крестьян, рабочих и инженеров направлять куда угодно, только не на развитие России.
В 1956 году Т.Д. Лысенко был отправлен в отставку с поста президента ВАСХНИЛ. Его заменил академик П.П. Лобанов, председательствовавший на сессии ВАСХНИЛ 1948 года.
Без энтузиазма относился Т.Д. Лысенко и к «борьбе за кукурузу» — повсеместному насаждению этой культуры по личному («волюнтаристскому») решению Хрущёва.