Реорганизацию претерпел и Военно-Морской Флот. Были укреплены управления и отделы Главного морского штаба. Флоты пополнялись новыми соединениями и кораблями, на Балтике началось строительство двух авиа несущих кораблей и массовое строительство быстроходных торпедных бронекатеров. Наконец-то стали поступать первые, закупленные у англичан и американцев корабли, в том числе прибыл и выкупленный у немцев крейсер Лютцов. Всё это приобретенное у империалистов разнообразное железо было сосредоточено на востоке и создавало основу нашей военно-морской мощи на Тихоокеанском оперативном направлении для противодействия Японии. На равных противодействовать японскому флоту наши корабли всё ещё не могли, но с помощью авиации могли достаточно уверено противодействовать любым попыткам высадки японского десанта на наше восточное побережье. Конструкторские бюро в авральном режиме разработали проекты модернизации полученных от американцев устаревших тяжелых крейсеров, так как советское руководство грезило заиметь большое количество 'карманных линкоров'. Основой замысла модернизации, закупленных у американцев крейсеров являлся торговый договор с Германией о закупке 40 двух орудийных 283 мм корабельных башенных установок. С поступающих американских крейсеров снимались двух и трех орудийные 203 мм башни и устанавливались закупленные у немцев 283 мм башенные установки. А вот снятые с американских кораблей 203 мм орудийные башни отправлялись на советские судоверфи для установки их на строящиеся крейсера 69 проекта. Решение, безусловно, было сложном, да к тому же и спорным, но советское руководство искренне считало, что нужно продолжать торговать с потенциальным противником, дабы показать, что мы настроены не воевать а торговать, при этом мы имеем достаточно высокое доверие к немецкому оружию. Немцы же за свои пушки получали непрерывные эшелоны с зерном, нефтью и рудой. Сталин пытался показать нашим потенциальным противникам, что СССР продолжает оставаться сырьевой державой, не имеющей достаточного промышленного потенциала, что бы создавать сложное вооружение.
Тяжелым трудом советских рабочих почти удалось закончить модернизацию в балтийских доках двух наших старых линкоров 'Марат' и 'Октябрьская революция', началась достройка полу разобранного третьего линкора. На огромные бронированные монстры начата установка радиолокационных станций метрового и дециметрового диапазонов, которые позволяли обнаруживать морские цели на дальность до 100 км и воздушные цели - до 150 км, кроме того значительно увеличивалась зенитная мощь кораблей за счет установки 57 мм орудий с дистанционным подрывом снаряда и 30 мм зенитных установок с наведением по радиоканалу, а также сдвоенных 12,7 мм зенитных пулемётных установок.
Одновременно с реорганизацией армии и флота проходило организационное укрепление и техническое переоснащение пограничных войск и войск НКВД, которым отводилась важная роль в обороне советского государства.
Развертывание армии и флота потребовало увеличения численности командного, политического и инженерно-технического состава. Создавались новые и расширялись существовавшие военно-учебные заведения. Быстро росло число военных училищ. Только в 1939 г. было сформировано 42 новых военных училища и уже к сентябрю 1939 года в военно-учебных заведениях и на различных курсах обучалось свыше 300 тыс. слушателей и курсантов.
Реорганизация армии и флота, в частности переход войск на новые штаты, вызвала большую перестановку кадров. Многие командиры среднего и старшего звеньев были повышены в должности или переведены на службу в технические рода войск. По всюду были открыты трёх месячные курсы подготовки младших командиров, которые после выпуска назначались командирами взводов, а прослужив год в должности, любой командир взвода мог написать рапорт и попасть на трёх месячные курсы доподготовки командиров рот.
Указом Президиума Верховного Совета СССР в Вооруженных Силах было установлено единоначалие, упразднен институт военных комиссаров и введен институт заместителей командиров и начальников по политической части. Теперь командир-едино начальник, нёс полную ответственность за обучение, материально-техническое обеспечение войск, воспитание личного состава.
Введение единоначалия укрепляло авторитет командира и улучшало условия для повышения боевой готовности войск. Были восстановлены генеральские и адмиральские звания для высшего командного состава армии и флота, а также введены новые звания для рядового и младшего начальствующего состава, офицерам вернули погоны. Под эту реформу попал и Зинченко, ему было присвоено звание генерал-лейтенант.
Кроме того были вновь введены в действие три штата дивизий. То есть по распоряжению ЦК партии все дивизии стали делиться на дивизии военного штата, то есть полностью укомплектованные личным составом, вооружением и техникой, таких дивизий было сформировано 160, в каждой дивизии военного штата было чуть больше 10 000 военнослужащих.