Учитывая положительный опыт, в 1788 году Греческий полк назначили на Лиманскую гребную флотилию, которую возглавил принц К.Г. Нассау-Зиген. Под командованием уже знакомого нам Стефана Мавромихали греки активно действовали под Очаковом. Офицеры и солдаты Греческого полка участвовали 7 июня в отражении турецкого флота, его разгроме 17–18 июня у Кинбурнской косы и окончательном истреблении 1 июля под самой крепостью. Кроме того, из частных греческих судов в Таганроге была сформирована корсарская флотилия. Действуя вдоль турецких берегов и устья Дуная, корсарские суда под командованием волонтеров Георгия Ганале, Галаки Батисто, Димитрия Куцо, Димитрия Кундури, Ивана Мелиси перехватывали и уничтожали турецкие транспорты. 19 мая 1788 г. Потемкин сообщал императрице:
6 декабря 1788 г. русские войска штурмом взяли блокированный с моря Очаков. Участников морских побед на Лимане наградили особыми серебряными медалями на георгиевской ленте с надписью «За храбрость на водах Очаковских». Принц Нассау-Зиген получил орден Св. Георгия 2-го класса, был произведен в вице- адмиралы и назначен командовать Балтийским гребным флотом против шведов. К сожалению, на этом посту принц не оправдал больших ожиданий (см. Главу III).
Весной 1789 г. Греческий полк опять разместили на судах Черноморского флота. Командующий им граф М.И. Войнович решил провести смелую десантную операцию против важного порта Констанца. 17 апреля из Севастополя вышли 18 легких судов корсарской флотилии лейтенанта И.Г. Бардаки, на которых расположились солдаты Греческого полка под командованием премьер-майора Константина Чапони.