Между тем с началом Отечественной войны резервные батальоны первых трех морских полков, входившие в состав 39-й пехотной дивизии, были посланы на усиление гарнизона Рижской крепости, где сражались против Прусского вспомогательного корпуса маршала Макдональда. В сентябре 1812 г. русские войска предприняли масштабную экспедицию. В ней особенно отличился поручик 1-го морского полка Гернц Фромболь Брыгин, участвовавший со своей ротой 14 сентября в занятии селения Даленкирхен, 15 сентября во взятии мызы Гросс-Экау, с 16 на 17 сентября в ночной экспедиции за рекой Аа под Рундалем, 17 сентября в перестрелке с неприятелем на Гарозенской дороге. 20 сентября русские войска вернулись в Ригу. При возобновлении их наступления на Фридрихштадт Брыгин с ротой был послан 25 октября в разведку, сделал засаду на Гарозенской дороге и захватил вражеский патруль. 29 октября он обошел с солдатами по считавшемуся непроходимым болоту неприятельский пикет и внезапным нападением без потерь захватил в плен 1 офицера, 2 унтер-офицеров и 27 рядовых. 3 ноября Брыгин с ротой находился в стрелках при взятии вражеского форпоста под Фридрихштадтом и нападении на вражескую колонну.
С 8 декабря русские войска начали преследовать противника, отступающего к Тильзиту. 15 декабря Брыгин участвовал во взятии Мемеля и в тот же день перешел со своей ротой государственную границу. 18 декабря 1812 г. прусский генерал Йорк заключил с русским командованием Таурогенскую конвенцию, фактически означавшую прекращение боевых действий на этом направлении. Вскоре резервные батальоны морских полков присоединились к своим действующим батальонам, получив 2-й порядковый номер.
По-своему сложился боевой путь 2-го морского полка. 12 сентября 1812 г. Александр I велел генерал-майору И.И. Новаку составить в Новгороде корпус для прикрытия большой Московской дороги и путей, ведущих от Гжатска на Осташков. Этот корпус, формировавшийся из ополчения, император усилил батальонами 2-го морского полка с его артиллерийской командой.
14 октября отряд Новака подчинили генерал-адъютанту князю П.М. Волконскому, который приказал ему выдвинуться в село Лопатино Тверской губернии для защиты Тверской и Псковской губерний от возможных вражеских набегов. Оставив в Новгороде майора 2-го морского полка М.Т. Кадникова с 3 обер-офицерами и 120 рядовыми для дальнейшего обучения 4-й бригады Новгородского ополчения, Новак 17 октября выступил из города. Однако в связи с изменением обстановки отряд получил новое назначение и был двинут через Торопец, Велиж и Сураж к Витебску. При быстрых маршах пехоту везли на подводах. Вступив в Витебск 15 ноября, Новак получил предписание графа П.Х. Витгенштейна о скорейшем присоединении к его корпусу. 24 ноября отряд Новака перешел реку Березину и 3 декабря прибыл в Неменчин, где, наконец, поступил в состав действующей армии. Двигаясь дальше, 2-й морской полк 17 декабря перешел прусскую границу.