Выполнив весь план строительства береговых укреплений, Черноморский флот готовился к спокойной службе. Но 16 февраля 1840 г. стало известно, что черкесы захватили форт Лазарев, а 10 марта пришла весть о взятии ими форта Вельяминовский. Требовалось принять безотлагательные меры, поскольку этот успех мог обнадежить горцев и вызвать новые нападения. Однако вместо проверенных кавказских полков для ответных десантов имелись лишь неопытные части 15-й пехотной дивизии. 1 мая 1840 г. на Феодосийском рейде им произвели десантное учение, во время которого «они оказались весьма неловкими, перемочили ружья и сумы и нескоро устраивались на берегу
». В связи с этим командир Отдельного Кавказского корпуса Е.А. Головин 4 мая 1840 г. обратился к М.П. Лазареву: «При производстве десантов на восточном берегу Черного моря в 1838 и 1839 гг. принимали участие сформированные из экипажей военных судов сводные морские батальоны, которые во всех сих действиях оказывали прочим войскам весьма полезное содействие. Ныне, когда десанты будут произведены войсками, совершенно неопытными в сем деле, участие подобного сводного батальона из матросов было бы еще полезнее, почему согласно представлению о сем генерал-лейтенанта Раевского я обращаюсь к вашему превосходительству с покорнейшей просьбой не оставить и на сей раз вашим распоряжением о сформировании означенного батальона, который, хотя, и не будет употреблен для каких-либо тяжелых обязанностей на сухопутной службе, но уже одним присутствием своим в виде надежного резерва может ободрить войска и много содействовать успеху». В тот же день Лазарев приказал сформировать батальон под командованием капитана 2 ранга Н.Ф. Метлина — 63 унтер-офицера и 700 матросов. Кроме того, в первый рейс для помощи сухопутным артиллеристам адмирал назначил 160 матросов и 20 комендоров при унтер-офицерах под командой офицера морской артиллерии.Уже 6 мая 1840 г. Лазарев сообщал в Петербург: «Назначение это, несмотря на ничтожное число матросов, сделало полезное влияние на солдат, которые ни разу еще неприятеля не видали. Везде начались радостные между ними толки, и солдаты приметно сделались веселее».
10 мая 1840 г. десант высадился в устье Туапсе и без сопротивления занял форт Вельяминовский. 22 мая 1840 г. в устье Псезуапе корабли артиллерийским огнем рассеяли толпы горцев, после чего десант также без сопротивления занял форт Лазарев. Положение на черноморском побережье Кавказа было восстановлено. В дальнейшем флот уже не вел столь масштабных десантных операций. Но на протяжении 1840-х гг. корабли поддерживали с моря сухопутные войска, высаживая при необходимости сводные команды и батальоны. Так, 19–24 сентября и 25 сентября — 6 октября 1843 г. с отряда судов Абхазской экспедиции высаживался десант (5 офицеров, 200 матросов) для защиты Сухум-Кале. Матросы охраняли крепость, пока сухопутные войска деблокировали гарнизон осажденного горцами Марамбинского укрепления.
16 июля 1844 г. черкесы напали на форт Головинский и ворвались в укрепление. С большим трудом и потерями гарнизону удалось выбить их из форта. 18 июля на помощь защитникам подоспел корабль «Силистрия» под командованием капитана 1 ранга П. С. Нахимова. Он приказал высадить десант (3 офицера, 150 матросов), «чем совершенно обеспечил укрепление от нападения».
До 26 июля моряки оставались в осажденном форте, готовясь отразить штурм. Но горцы, видя усиление русских, не решились еще раз атаковать и рассеялись.