В 1854 году в связи с началом Восточной войны кадры пехотных полков укомплектовали бессрочно отпускными нижними чинами и развернули их в 5-е и 6-е резервные батальоны. Пока действующие батальоны находились в Царстве Польском, резервные батальоны, сведенные в полки, охраняли Балтийское побережье от возможных десантов англо-французского флота. Но ни тем, ни другим не довелось участвовать в боевых действиях. С окончанием войны резервные батальоны велено было расформировать, а 4-е действующие батальоны преобразовать в резервные. Однако на практике все получилось наоборот. 4-е действующие батальоны 23 августа 1856 г. расформировали, а из упраздняемых 5-х и 6-х батальонов сформировали заново 4-е резервные батальоны. Тем не менее, в этих резервных батальонах номинально все еще сохранялась преемственность с батальонами морских полков.
17 апреля 1856 г. Софийский морской полк был переименован в Софийский пехотный полк. Вскоре Пехотному Его Величества Короля Неаполитанского полку вернули 19 марта 1857 г. его прежнее название, после чего он стал называться Невским пехотным Его Величества Короля Неаполитанского полком. В мае 1859 г. Фердинанд II умер, в связи с чем полк стал называться просто Невским пехотным, но ненадолго. 4 мая 1867 г. его шефом стал греческий король Георг I, и полк стал называться 1-м пехотным Невским Его Величества Короля Эллинов полком.
В 1863 году в связи с волнениями в Польше часть армии привели в военное положение. 6 апреля 1863 г. 4-е резервные батальоны пехотных полков велено было дополнить бессрочными и временными отпускными нижними чинами, а также рекрутами и сформировать дополнительно 5-е резервные батальоны. Из этих двух батальонов создавались новые резервные полки с тем же названием, что и основные — Невский резервный пехотный полк, Софийский резервный пехотный полк и т. д. 13 августа 1863 г. из этих полков император решил составить новые пехотные дивизии. Резервные полки привели в нормальный трехбатальонный состав, после чего они получили самостоятельные названия. Бывшие 4-е резервные батальоны стали 1-ми действующими батальонами новых полков, 5-е резервные — 2-ми, а к 1 декабря 1863 г. из рекрут сформировали и 3-и батальоны. 25 марта 1864 г. новым полкам присвоили порядковые номера. В результате этой реформы были сформированы 89-й пехотный Беломорский, 90-й пехотный Онежский, 92-й пехотный Печорский и 102-й пехотный Вятский полки. При этом 1-е батальоны новых полков, сформированные из бывших четвертых резервных батальонов, унаследовали их Георгиевские знамена — Беломорский и Печорский полки от 3-го морского полка, а Онежский и Вятский — от 4-го морского полка (см. таблицу). 21 сентября 1865 г. 1-м батальонам четырех полков Александр II пожаловал новые Георгиевские знамена с сохранением прежних надписей — отличия и юбилейной — на полотнище. Знамена освятили в Гельсингфорсе 10 сентября 1867 г.
При развертывании из резервных батальонов Печорский полк сохранил в память о Калужском полку знаки на шапках «За отличие», а Вятский полк — знаки Либавского полка «За Варшаву 25 и 26 Августа 1831 года». От морских батальонов новые полки унаследовали кроме Георгиевских знамен и гренадерский бой. Тем не менее, белые морские выпушки на обмундировании в новых полках с сентября 1863 г. отменили. Вплоть до 1917 года их сохраняли Невский и Софийский пехотные полки в память о том, что их третьи батальоны вели происхождение от первых батальонов 1-го и 2-го морских полков. В Калужском же и Либавском пехотных полках преемственность со вторыми батальонами 1-го и 2-го морских полков после 1863 года уже не поддерживалась.