Известие о начале войны с Персией стало для Ильинского неприятным сюрпризом. Никаких официальных сведений об этом он не получал и воспринимал происходящее как обычный мятеж. Теперь же положение становилось критическим. 18, 19 и 20 июля Ильинский эвакуировал семьи солдат и верных жителей на остров Сари. Между тем генерал А.П. Ермолов еще 11 июля послал Каспийской флотилии приказ «по случаю военных намерении персов»
собраться у Ленкорани, дать Ильинскому необходимое число орудий и снарядов, а в случае необходимости перевезти батальон на остров Сари. Как уже говорилось, Ермолов изначально считал оборону Ленкорани делом невозможным. Однако его приказ был получен бароном Левендалем только 20 июля. В тот же день эскадра собралась у Ленкорани. Семью хана, его имущество и регалии перевезли на бриг «Кура». Лазарет, цейхгауз и еще остававшиеся семьи Каспийского батальона, а также верных армян и татар, боявшихся мести персов, отправили на остров Сари. Вместе с тем для усиления обороны крепости с корвета «Геркулес» свезли одно 6-фунтовое чугунное орудие с 25 боевыми зарядами. Избавившись от лишнего населения и тяжестей, Ильинскому стало значительно легче защищаться.22 июля приплывшие на Сари рыбаки сообщили, что мятежники уже захватили Сальяны, перерезав коммуникационную линию батальона. Теперь Ильинский окончательно убедился в начале войны с персами. Для обороны Сари от возможных десантов он послал на остров 40 солдат, а также 100 ружей с патронами для вооружения рыбаков. В это время генерал Ермолов, оценивая ситуацию и «по соображению обстоятельств полагая, что батальону Каспийскому морскому трудно будет долгое время удерживаться в Ленкорани
», предписал 22 июля майору Ильинскому «со всеми войсками, имуществом их и казенным переправиться на остров Сару, а командующему эскадрой военных судов флота капитан-лейтенанту барону Левендалю предложил оказать в том зависящее от него пособие и немедленно перевезти сей батальон из острова Сары в Баку».23 июля от пойманного лазутчика стало известно, что персидские войска вступили в Талыши и хан готовится напасть на лагерь Каспийского батальона. В связи с этим 24 июля Ильинский послал вдоль морского берега к Сенгеру майора А.Х. Карпова со 100 солдатами, 60 казаками и 1 орудием открыть неприятеля. В четырех верстах от Ленкорани Карцов встретил противника, «вступил в дело и удачно удержал его нападение, дав в то же время знать о сем майору Ильинскому».
Ильинский выслал небольшое подкрепление и велел Карцову отступать к Ленкорани, сжигая на пути все береговые постройки. Одновременно батальон перешел из лагеря в крепость, спалив лагерные строения и дома бежавших жителей. К вечеру отряд Карпова пришел в Ленкорань, потеряв 1 унтер-офицера и 1 рядового убитыми и привезя 1 обер-офицера, 1 унтер-офицера, 8 рядовых, 1 сотника и 6 казаков ранеными. Позднее 1 рядовой, 1 сотник и 2 казака умерли от ран.26 июля многотысячная армия под руководством персидского принца Али-Наги-мирзы подошла к Ленкорани и, прикрываясь лесом, стала рыть осадные окопы. Ночью персы построили две батареи, которые начали обстреливать крепость и флотилию. В то же время киржимы (длинные гребные лодки) «ленкоранских возмутителей
» стали крейсировать на рейде и напали на катер мичмана Свистунова, посланного бароном Левендалем к Ильинскому с донесениями. Находившемуся на катере квартирмейстеру прострелили руку навылет, после чего Свистунов вынужден был вернуться к флотилии.