В апреле 1943 года после категорических приказов из Москвы начались съемки. Оператор Москвин отснял первый эпизод «Приемная палата». Съемки фильма шли ночью. Таким образом экономили электричество, которое днем использовалось на военных заводах. Одновременно снимались первая и вторая серия фильма, и шел разговор о третьей, поскольку раздувшийся сценарий не укладывался в две серии. Работа шла медленно. Многим актерам приходилось приезжать из других городов, не хватало самого необходимого, пленка была бракованной, из-за чего многие эпизоды переснимали. И, наконец, сам Эйзенштейн из-за тяжелого горного климата Алма-Аты часто болел. Постоянные задержки стали причиной острого конфликта с руководством Главного управления кинематографии. 20 января 1944 года режиссер написал письмо Сталину, в котором просил оградить его от вмешательства бюрократов: «
Сталин вновь поддержал Эйзенштейна: срок сдачи фильма был продлен. Монтажный и тонировочный период проходили в Москве, куда в преддверии победы из эвакуации возвращались кинематографисты. Эйзенштейну пришлось убрать из фильма ряд эпизодов. Для них нужно было доснять материал, а директор Мосфильма категорически потребовал скорейшего окончания работ. Наконец, в конце декабря 1944 года первая серия фильма была готова.
Фильм открывался титром: «
7 декабря 1944 года собрался Большой художественный совет Комитета по кинематографии, который должен был определить судьбу картины. Положительное решение не было предрешено, тем более, что мнение высшего политического руководства о фильме было неизвестно. Первые выступавшие стали критиковать картину. Актер Алексей Дикий заявил: «Все актеры играют плохо. В игре актеров отсутствует простота», с ним были солидарны актеры Борис Бабочкин и Борис Чирков. Поэт и журналист Константин Симонов не увидел в герое Черкасова «человеческого», а только «политико-исторические тенденции». Правда, у картины нашлись авторитетные защитники, прежде всего режиссеры В.И. Пудовкин, Г.В. Александров, И.А. Пырьев, И.А. Савченко. Вскоре был получен вердикт главного зрителя. Сталин потребовал задним числом включить авторов в число номинантов Сталинской премии. В январе 1945 года картина вышла в советский прокат.