Начавшаяся война открыла Эриху Хартманну сложный и дорогостоящий мир авиации. Любительские полеты в довоенной Европе были большой редкостью, так как купить и содержать самолет было очень накладно. Спортивные полеты оставались недосягаемой мечтой для множества молодых людей. Но в преддверии войны многие юноши становились военными летчиками. Государство брало на себя все расходы по обучению их летному мастерству.К 1940 году успехи германской истребительной авиации начали производить впечатление на народ. Газеты пестрели статьями, рассказывающими о наиболее выдающихся пилотах. Вернер Мёльдерс, прославившийся как лучший пилот легиона «Кондор» во время войны в Испании, снова воевал с большим успехом. Иоханнес Штайнхоф и Вольфганг Фальк стали героями битвы над германской бухтой, отражая налеты бомбардировщиков Королевских ВВС на Германию. Воображение Эриха было захвачено эффектными подвигами пилотов-истребителей. Он решил поступить на службу в Люфтваффе.
Его отец, имевший гуманитарное образование, был разочарован выбором сына. Однако Эрих считался свободным человеком, и ему было позволено выбирать свое будущее самому. Мать Эриха понимала его желание летать, так как именно она в детстве подтолкнула сына в этом направлении. Уш была несчастна, так как предстояла разлука с Эрихом. Однако уже тогда она с пониманием отнеслась к его желанию.
Доктор Хартманн считал, что война закончится поражением Германии и что этот конфликт не принесет ничего хорошего фатерланду. Однако между собой они нашли разумное объяснение желаниям Эриха. Всеобщее убеждение, что война не затянется, помогло им согласиться с желанием Эриха стать пилотом. Они полагали, что сын может выучиться на профессионального летчика, а после ожидаемого завершения короткой войны у него останется еще достаточно времени переучиться на врача.
Военная жизнь оказалась совершенно чужой психологически для Эриха. Он был свободолюбивой юной душой, которая искала свободы в воздухе. Школа в Роттвейле уже показала полную антипатию Эриха к военной жизни. Теперь эта жизнь стала горькой пилюлей, подслащенной радостью полетов. Его природное отвращение к военной дисциплине полностью подорвало потом его карьеру в ВВС, как в военное время в Люфтваффе, так и после войны в БундесЛюфтваффе. Однако он каким-то чудом сумел сохранить независимый дух в атмосфере всеобщего подчинения.
15 октября 1940 года, когда самые напряженные дни Битвы за Британию уже остались позади, свежевыбритый Эрих Хартманн появился в казармах 10-го учебного полка ВВС в Нойкирхене, расположенном примерно в 10 милях от Кенигсберга. Полеты полностью завладели его мыслями. Он станет пилотом, даже если ему придется ради этого спуститься в ад.
В это время программы подготовки пилотов-истребителей для германских ВВС не испытывали давления чрезвычайных обстоятельств. Тяжелые потери в летчиках во время Битвы за Британию не взволновали штаб Люфтваффе. Поэтому практически ничего не делалось для ускорения выпуска пилотов из летных школ, а заводы не смогли восполнить потери в самолетах, понесенные за время Битвы за Британию, даже к марту 1941 года. Именно в этом месяце Эрих отправился в Высшую летную школу Берлин-Гатов для получения летной подготовки.С октября 1940 года его учили военной дисциплине, строевой подготовке и ружейным приемам, что его совершенно не интересовало. Однако курсанты проходили и теоретические курсы специальных авиационных дисциплин – историю авиации, теорию полета, тактику, конструкцию самолета, устройство моторов, сопротивление материалов, аэродинамику, метеорологию. Эти предметы Эриха очень интересовали, что помогло ему приспособиться к новой жизни. Перспектива полетов оказалась настолько сильной приманкой, что он прошел через школу первичной подготовки довольно легко.
Летная подготовка, которую он проходил в школе Берлин-Гатов, должна была длиться почти год. Это ясно показывало, что Люфтваффе никуда не торопятся и их ничто не волнует. Позднее на Восточном фронте в эскадрилью Эриха приходили молодые пилоты, которые имели за плечами менее 100 часов налета, и их сразу бросали в бой. Эрих совершил свой первой полет на военном учебном самолете 5 марта 1941 года. Это был самолет BT-NB. Инструктором летел сержант Кольберг. 24 марта 1941 года Хартманн совершил первый самостоятельный полет.
Когда Эрих приземлился после этого вылета, это была его 74-я посадка на самолете, хотя на планере он совершил сотни полетов.Основной курс летной подготовки завершился 14 октября 1941 года, он был готов начать курс высшей подготовки. Его инструкторы в летной школе уже определили, что Эрих будет пилотом-истребителем. Этот курс занял время с 15 октября 1941-го по 31 января 1942 года. После этого Эрих был отправлен в школу истребительной авиации в Цербст-Ангальт. В Цербсте он познакомился с самолетом, который принес его к славе – «Мессершмиттом-109».