Весной 1921 года, будучи помощником коменданта реввоентрибунала 9-й армии и войск Донской области, Василий Пудин доставил архивы трибунала расформированной 9-йармии в Москву. Московский городской комитет партии направил его на работу в Московскую ЧК. В середине 1922 года Пудина перевели в контрразведывательный отдел ГПУ, начальником которого в то время являлся А.Х. Артузов. Занимался разработкой савинковской контрреволюционной организации «Союз защиты родины и свободы». Выступая в роли «боевика» легендированной чекистами подпольной организации «Либеральные демократы», участвовал в задержании эмиссара Б. Савинкова полковника Павловского (операция «Синдикат-2»).