В стране начался террор. Нашлись пострадавшие от католической церкви, которая до реформации обладала громадной властью, однако большинство британцев были тесными узами связаны с католицизмом и его утешительными обрядами. Они в ужасе смотрели, как сносят соборы, как разбивают на куски изображения Мадонны и святых, разрушают витражи, грабят церковные сокровищницы. После разграбления и закрытия монастырей, которые давали кров беднякам и бездомным, несчастные наводнили улицы городов. Число нищих стремительно росло, их ряды пополнялись за счет бывших монахов. В довершение всего, чтобы оплатить свои церковные реформы, Кромвель резко увеличил налоги.
В 1535 году север Англии потрясли сильнейшие мятежи, так что трон Генриха VIII едва выстоял. К следующему году Генриху удалось подавить бунты, но король начал осознавать, во что выливаются реформы Кромвеля. Сам король не собирался заходить так далеко — он хотел только развода. Теперь настала очередь Кромвеля с тревогой наблюдать, как король медленно начинает отменять реформы, восстанавливать католические святыни и ритуалы, которые были упразднены.
Чувствуя, что впал в немилость, Кромвель в 1540 году решил одним махом вновь завоевать расположение Генриха: он нашел королю новую жену. Третья супруга короля, Джейн Сеймур, умерла несколькими годами раньше, и Генрих подумывал о новой молодой королеве. Не кто иной, как Кромвель, подыскал ее: Анна Клевская, германская принцесса и, что было особенно важно для Кромвеля, протестантка. По заказу Кромвеля живописец Гольбейн написал великолепный портрет Анны. Увидев его, Генрих влюбился и дал согласие на брак. Кромвелю, похоже, удалось отвоевать прежние позиции.
К сожалению, однако, оказалось, что портрет Гольбейна сильно идеализировал прелести принцессы, при личной же встрече она ничуть не понравилась королю. Его разочарование пало на голову Кромвеля — король был разгневан за неудачно проведенные реформы, а теперь за то, что ему пытались подсунуть некрасивую протестантскую жену. Генрих не хотел больше ждать. В июне того же года Кромвель по его приказу был арестован, обвинен в измене, протестантском экстремизме, назван еретиком и заточен в Тауэр. Спустя полтора месяца он был казнен под крики огромной толпы.