Казалось, что они с женой уже основательно обустроились в Лилле, как вдруг в один прекрасный день Пастер получил назначение на должность директора научного кабинета в Эколь Нормаль. Вернувшись в Париж, ученый вступил в открытую полемику с королем химиков Либихом, родоначальником химической теории брожения, и сумел доказать, что причина процесса кроется в живых организмах. На протяжении дискуссии Пастер сделал еще одно очень важное открытие. Он обнаружил организмы, для которых кислород не только не нужен, но и вреден. Эти так называемые анаэробные бактерии (1861 г.) вызывают, в частности, маслянокислое брожение и приводят к прогорканию вина и пива и порче продуктов. Открытие анаэробиоза навело Пастера на мысль, что организмам, которые обитают в среде, лишенной кислорода, брожение заменяет дыхание. Эти его исследования наголову разгромили теорию самозарождения организмов (жизни), владевшую умами ученых еще со времен Аристотеля. Чтобы рассказать о заслугах Пастера как основоположника научной микробиологии, надо написать целую книгу. В научном споре с французским ученым Ф. Пуше он многочисленными опытами неопровержимо доказал, что все микроорганизмы возникают путем размножения. Там, где микроскопические зародыши убиты и проникновение их из внешней среды невозможно, где нет и не может быть микробов, там не бывает ни брожения, ни гниения. Надо сказать, что в это время Пастер находился на грани провала, и, если бы не известная теперь колба с причудливо изогнутым, словно лебединая шея, горлом, придуманная Баларом для «удержания» бактерий, находящихся в воздухе, он бы дискуссию проиграл.
В 1865 г. ученый предложил способ сохранения пищевых продуктов с помощью тепловой обработки. Так, например, если вино сразу после брожения подогреть, не доводя до точки кипения, а потом плотно закупорить, то посторонние микробы туда не проникнут и напиток не испортится. За это открытие Пастера прозвали «винным доктором». А метод сохранения продуктов, получивший высшую награду за исследования по вину на Всемирной выставке 1867 г., называется теперь пастеризацией и широко используется в пищевой промышленности. Активная же борьба Пастера за стерилизацию инструментов в больницах имела другое важное последствие: на основе его метода медик Листер из Эдинбурга разработал принципы антисептики во врачебной практике. Это позволило врачам путем использования определенных веществ (карболовой кислоты, сулемы и др.), убивающих гноеродные бактерии, предупреждать заражение ран. Луи Пастеру же потребовалось 13 лет и тысячи опытов для завершения своих работ по брожению и гниению, чтобы с полной убежденностью объявить миру об универсальном законе участия микроскопических существ во всех видах брожения.
Всю свою дальнейшую жизнь Пастер посвятил изучению микроорганизмов и поискам средств борьбы с возбудителями заразных болезней животных и человека. О своем научном преображении сам он говорил, что «упорство в научном исследовании приводит к тому, что я люблю называть инстинктом истины». Возможно, именно этот инстинкт, никогда не подводивший Пастера, привел его к самым важным для человечества открытиям.
Его теория, опровергшая идею самозарождающейся жизни, вызвала бурное возмущение церкви, которая расценила это как посягательство на ее святые устои. В устрашение студентам, вставшим на защиту своего педагога, Пастера и директора изгнали из Эколь Нормаль. Но правительству было абсолютно невыгодно терять прославленного ученого, и его назначили профессором кафедры химии в Сорбонне.
Пастер, принесший своими открытиями миллионные доходы государству только от торговли вином, мечтал о собственной, хорошо оборудованной лаборатории. Но ему еще более двадцати лет пришлось ждать необходимого для работы. За это время ученый не раз доказал, что способен репродуцировать гениальные идеи и найти им достойное применение на благо страны и людей.
В 1865 г. судьба в образе старого профессора Дюма снова постучалась в его дверь. Он предложил Пастеру превратиться в… лекаря шелковичных червей. После целого ряда неудач и разочарований ему в конце концов удалось выяснить точную причину заболеваний червей. Ими были бактерии – паразитирующая пебрина и грибок флашерия. На решение этой проблемы потребовалось 15 лет (с небольшими перерывами). В результате чего он опубликовал фундаментальный труд и научил жителей, как определять и сортировать здоровых червей и как отделять их от соприкосновения с зараженными листьями, испачканными испражнениями больных червей. Работа Пастера по заболеваниям тутового шелкопряда имела большую коммерческую ценность. Как говорили жители южной Франции, где развито шелководство, за это ему следовало бы поставить памятник из чистого золота, но и из этих прибылей он не получил ни франка для своей лаборатории.