Молодые поселились вместе со вдовствующей императрицей в Аничковом дворце. Николай не хотел оставлять мать в такое тяжелое для нее время. Она долго не могла оправиться от своей утраты; траур по мужу она носила очень долго. Николай оставил за вдовствующей императрицей многие привилегии: она была хозяйкой во дворце, первой – под руку с Николаем – выступая на всех приемах (в то время как Алике следовала за ними, в сопровождении одного из Великих князей); в ее распоряжении оставались все драгоценности короны, она по-прежнему руководила Ведомством учреждений императрицы Марии и обществом Красного Креста, за ней было право назначать фрейлин и статс-дам и для себя, и для молодой императрицы. Она же заботилась о гардеробе Александры Федоровны, заказывая ей платья по своему вкусу. Марии Федоровне нравились платья яркие, с разнообразными отделками. У нее был превосходный вкус, позволявший даже строго регламентированные протоколом придворные наряды сделать интересными и индивидуальными. Ее любимыми портными были сначала парижский модельер Чарльз Ворт, затем петербуржец Август Бриссак (Бризак), а с середины 1890-х годов – знаменитый московский модельер Надежда Ламанова. Алике же любила более строгие фасоны, а всем драгоценностям предпочитала жемчуг.
Оправившись от потери мужа, Мария Федоровна словно обрела второе дыхание. Она стала открыто интересоваться политикой – в некоторой степени это было необходимостью, вызванной неопытностью нового императора. Александр оставил после себя крепкую, влиятельную державу, но ее надо было уметь держать в руках. Осознание того, что наследник оказался не готов к роли правителя, очень угнетало Марию Федоровну, и она как могла старалась компенсировать его слабость. Она много работала, утомляя секретарей и поражая придворных работоспособностью и умением вникать в сложные политические вопросы.
Молодая императрица тяжело переносила свое положение «второй скрипки». Но у Марии Федоровны было все то, чего недоставало Алике: светскость, любезность, общительность, умение нравиться и обаяние старой императрицы не оставляли никаких шансов замкнутой, нелюдимой и холодной Александре Федоровне. С годами их противостояние только усугублялось. С весны 1895 года, когда император с женой переехал из Аничкова в Александровский дворец, влияние Марии Федоровны на сына заметно ослабело, хотя она все равно продолжала играть заметную роль в государственной политике.
А беды в семье продолжались. В 1899 году умер третий сын Марии Федоровны Георгий – он уже семь лет страдал от туберкулеза и поэтому постоянно жил на Кавказе, в имении Аббас-Туман. Катаясь на мотоцикле, он перевернулся и умер от легочного кровотечения. Георгий был наследником престола – ведь в семье Николая пока не было сына. В мае 1901 года младшая сестра императора Ольга вышла замуж за принца Ольденбургского, сына близкой подруги Марии Федоровны, но брак оказался крайне неудачным. Жених был гомосексуалистом, к тому же картежником и мотом, и фактически брак так и не состоялся. Ольга влюбилась в адъютанта своего супруга Николая Куликовского, но замуж за него смогла выйти только в 1916 году, когда ее первый брак был признан недействительным.
Казалось, что после смерти Александра III Романовы пустились во все тяжкие. Несколько громких скандалов, морганатические браки – заключенные, в нарушение всех законов, против воли императора. Престиж монархии падал на глазах. Последний удар нанес младший брат Николая Михаил – он вступил в связь с дважды разведенной Натальей Шереметьевской-Вульферт (получившей потом титул графини Брасовой), на которой тайно женился, вопреки прямому запрету брата. Неудивительно, что монархию перестали уважать.
6 января 1905 года во время церемонии водосвятия на Николая было совершено покушение – заговорщики зарядили боевыми снарядами орудия, отдававшие традиционный салют. А меньше месяца спустя великий князь Сергей Александрович был взорван в Москве. Россия вступала в тяжелейший период своей истории.
Первая русская революция, неудачная война с Японией, усиливающийся разлад в стране – все это Мария Федоровна перенесла очень тяжело. Она, по сути дела, оставалась единственной хранительницей семейных и династических ценностей, но к ее мнению Николай уже не прислушивался. Она убеждала сына ввести в России конституционную монархию, в то время как его жена была ярой сторонницей самодержавия. Конфликт между двумя императрицами становился все глубже: Мария Федоровна решительно не одобряла Распутина, обижалась на Алике за то, что та старается ограничивать ее общение с сыном и внуками. Мировая война сблизила их – все женщины императорской семьи работали в госпитале, помогая раненым, – но сближение было недолгим. Алике особенно раздражало то, как выглядит вдовствующая императрица: она сама от постоянных тревог за больного сына, за мужа заметно постарела, а Мария Федоровна продолжала выглядеть очень молодо, свежо, без единого седого волоса.