По данным российской прессы, скандал виделся следующим образом. Дмитрий Якубовский, располагая сведениями и материалами о коррумпированности первого вице-премьера правительства России Владимира Шумейко и других высокопоставленных государственных чиновников (все они были сторонниками президента Бориса Николаевича Ельцина), сообщил об этом людям, близким к вице-президенту Руцкому и Руслану Хасбулатову, который находился тогда в должности спикера. Его стали уговаривать предать эти факты гласности, и он вроде бы согласился. Но потом то ли повел «двойную игру», то ли его вынудили сотрудничать с Межведомственной комиссией при президенте России по расследованию коррупции в высших эшелонах власти. В результате в коррумпированности обвинили самого Александра Руцкого и предпринимателей, близких к Верховному Совету. Это был первый случай, когда Якубовский оказался замешанным в крупном скандале. Однако далеко не последний. Хотя после этого он был уволен и год прожил в Канаде.
По возвращении в Москву в 1994 году Якубовский открывает адвокатскую контору. По словам очевидцев, жил не бедно. Имел целый штат слуг и телохранителей. Однако не желал останавливаться на достигнутом. И в декабре того же года его арестовали, обвинив в соучастии в краже редких книг из Российской национальной библиотеки в Санкт-Петербурге, незаконных операциях с валютой и попытке контрабанды. Якубовский был задержан 20 декабря 1994 года в Москве. Следствие полагало, что принять участие в краже его вынудило тяжелое финансовое положение. Мол, адвокатская практика не позволяла жить на столь широкую ногу, и пришлось задолжать одной канадско-российской туристической фирме. В приговоре фигурировала цифра в 80 тыс. долларов.
Кража, о которой идет речь, получила название «ограбление века». Были похищены редчайшие рукописи, оцененные в триста миллионов долларов. В ночь с 10 на 11 декабря 1994 года через окно книгохранилища, не подсоединенное к сигнализации, преступники проникли в библиотеку и по заранее составленному списку отобрали около девяноста особенно ценных рукописей и книг. Грабителями оказались два израильтянина, два тезки Ицхаки Зруг, двоюродные братья. Участие израильтян объясняется совсем не происками мирового сионизма, а хорошей подготовкой преступления. Похитить подобные ценности можно было не только благодаря нашей извечной халатности (вспомним про окно без сигнализации), но и в результате хорошей информированности. Дело в том, что незадолго до преступления в Израиль эмигрировал питерский профессор Виктор Левада. Именно он до отъезда и являлся хранителем этой самой библиотеки. По данным израильской полиции, Левада познакомился с братьями Зруг и рассказал им, как плохо охраняются уникальные ценности на его прежнем месте работы. Его жена Светлана слетала с одним из братьев в тогда еще Ленинград на разведку. Она же помогла арендовать квартиру, куда впоследствии преступники принесли в чемоданах украденное. За этими-то чемоданами и должен был якобы прийти Дмитрий Якубовский, но не пришел. Хозяева квартиры, взволнованные наличием вещей и отсутствием постояльцев, вызвали милицию, которая и вернула похищенное в библиотеку. Хотя курсируют неподтвержденные слухи, что возвращено было далеко не все. Вроде бы наиболее ценные экземпляры все-таки пропали и были успешно проданы. Правда, это вызывает сомнение, поскольку продавать такие вещи крайне трудно из-за их уникальности и известности. Но преступники сочли Якубовского способным вывезти раритеты в Швейцарию. Во всяком случае так планировалось. Русский профессор и грабители отрицают факт сотрудничества в столь противоправном деле. Только тогда непонятно, откуда у похитителей оказался столь подробный перечень наиболее ценных рукописей с указанием их места хранения?
Возвращаясь к Якубовскому, следует сказать, что он себя виновным не признал и впоследствии называл дело целиком дутым. Однако суд Санкт-Петербурга признал его виновным по статьям Уголовного кодекса 147-2 (соучастие в хищении предметов особой культурной ценности) и 162-7 (незаконные операции с валютой), а обвинение в попытке контрабанды снял. Наказание было определено в виде 5 лет лишения свободы с содержанием в колонии общего режима и конфискацией имущества. Также с него взыскали судебные расходы.
По отношению к Якубовскому «библиотечное дело» было шито белыми нитками. Будучи практикующим адвокатом, он не мог этого не понимать и не пытаться этим воспользоваться. Следовательно, была подана кассационная жалоба. Если бы Верховный суд ее удовлетворил, то Генерал Дима вышел бы на свободу, так как к тому времени, с учетом предварительного следствия, он уже отсидел 2 года, полагающиеся ему за валютные операции. Но в 1997 году ему добавляют еще 2 года по дополнительному обвинению в издевательстве над сокамерником.