К этому переломному моменту он стал не только известным предпринимателем, но и заметной политической фигурой с репутацией умеренно-либерального деятеля. Сначала Четвериков работал в уездном земстве, был выбран губернским гласным. В феврале 1905 г. возглавлял комиссию по рабочему вопросу при Московском биржевом комитете. Опубликовал в «Русских Ведомостях» статью, в которой выражал беспокойство возможностью превращения Думы в придаточный к бюрократическому строю консультативный орган. С лета 1905 г. вместе с П. П. Рябушинским, А. И. Коноваловым, С. Н. Третьяковым возглавлял так называемую группу «молодых» капиталистов, выступавших за проведение политических реформ, гарантирующих дальнейшее развитие страны. Предлагал представителям промышленности и торговли отказаться от участия в Государственной Думе, саботировать реализацию новых внутренних займов и уплату промыслового налога, а также закрыть все фабрики и заводы для того, чтобы создать массовое рабочее движение.
В июле 1905 г. торгово-промышленный съезд избрал Четверикова в бюро для подготовки проекта программы и организации промышленно-политической партии. В дни всеобщей октябрьской забастовки он считал, что «насильственным действиям “социал-революционной партии” должно быть противопоставлено насилие», но эти меры не достигнут цели, а обострят обстановку, если «одновременно не придать Государственной Думе законодательного характера и не привлечь к выборам всего класса фабричного населения».
В конце года Сергей Иванович стал лидером вновь созданной умеренно-прогрессивной партии, высказывался за свободу рабочих союзов, собраний и право пролетариата на «мирные» стачки. Он был против введения 8-часового рабочего дня в промышленности, «иначе наши предприятия не выдержат иностранной конкуренции», и вместе с тем требовал увеличить крестьянское землевладение «путем отчуждения за счет государства удельных, кабинетских, монастырских и частновладельческих земель». Затем Четвериков входил в ЦК партии мирного обновления и «Союза 17 Октября». В 1906–1907 гг. возглавлял комиссию по учреждению «Союза фабрикантов и заводчиков». Разрабатывая его устав, он предложил организовать фонд взаимной поддержки предпринимателей, пострадавших от необоснованных забастовок, и сделать нечто подобное для рабочих. Устав не был разрешен цензурой, а его автор попал под тайный надзор полиции. Вершиной же его политической карьеры стало участие в создании перед Первой мировой войной партии прогрессистов, в которую вошли крупнейшие представители российского бизнеса.
В период июльского кризиса 1917 г. Четверикова выдвинули кандидатом на пост министра торговли и промышленности. На объединенном заседании выборного биржевого и купеческого обществ по поводу формирования нового кабинета Сергей Иванович поддержал мнение о необходимости участия представителей торгово-промышленного класса во Временном правительстве. Членство в правительстве в условиях военного и экономического кризиса, считал он, это «не путь к власти и почестям, а путь великой национальной жертвы». Оценивая ситуацию, Четвериков говорил: «Довольно этих высокопарных слов о благе трудящегося народа: грязными руками не берутся за такое чистое дело. Если правительство, правильно угадав настроение страны, объявило, что всякие попытки возврата к царизму оно будет рассматривать как преступление, то оно обязано на эту точку зрения стать и по отношению большевизма.»
Такому человеку не было места в «стране победившего пролетариата». Уже зимой 1918 г. он был препровожден из своего имения в Богородскую тюрьму. Затем Четверикова выпустили на свободу, но в покое не оставили — чекисты периодически устраивали обыски и угрожали расправой. В январе 1919 г. он даже просидел несколько дней в камере смертников в ожидании расстрела. После очередного ареста дочери Сергея Ивановича удалось добиться разрешения властей и забрать отца в свою семью, живущую в Швейцарии.
В октябре того же 1919 г. алтайскому овцеводческому предприятию Четверикова был нанесен непоправимый удар. Хозяйство заняли «красные» партизаны. В результате все служащие разбежались, а уникальные тонкорунные мериносы, оставшиеся без надзора и корма, разбрелись по степям, погибли от холода или попали в котел. Городищенскую фабрику национализировали, а банковский капитал ее владельца конфисковали. «С потерей своего состояния, результата 50-летней деятельности, я примирился, — писал уже ставший глубоким стариком Сергей Иванович, — но уничтожение сибирского овцеводства — это рана, которую донесу открытой до своей могилы».
В эмиграции он занялся литературным трудом. Бывший заводчик и политический деятель работал над мемуарами и написал даже небольшой роман. В своих статьях того времени он выражал надежду, что НЭП станет первой уступкой большевизма и скоро в стране произойдет возрождение промышленности и предпринимательства и главным действующим лицом станет окрепший крестьянин. Статьи были подписаны инициалами — Сергей Иванович опасался за судьбу своих сыновей, оставшихся на родине.