Работа над вторым томом «Мертвых душ» совпала с глубоким душевным кризисом писателя. Гоголь был готов отречься от всего, написанного ранее, считая свои произведения легковесными и безбожными.
В 1845 г. Гоголь, живя во Франкфурте у Василия Андреевича Жуковского, сжег первый вариант второго тома «Мертвых душ». Причину уничтожения рукописи писатель объяснял тем, что «не следует говорить о высоком и прекрасном, не показавши тут же ясно, как день, путей и дорог к нему всякого. Последнее обстоятельство было мало и слабо развито во втором томе «Мертвых душ», а оно должно было быть едва ли не главное.» Гоголь верил, что «крещение» огнем поможет ему.
Гоголь считал себя человеком низменным и греховным и рассматривал свое творчество как одну из возможностей избавления от наиболее неприятных ему черт. «Я стал наделять своих героев сверх их собственных гадостей собственной дрянью, — писал Гоголь в одном из писем. — Взявши дурное свойство мое, я преследовал его в другом звании и на другом поприще, старался себе изобразить его в виде смертельного врага, нанесшего мне самое чувствительное оскорбление, преследовал его злобой, насмешкой и всем чем попало».
В 1847 г. писатель издал «Выбранные места из переписки с друзьями» — книгу, которой он придавал большое значение и считал важной вехой своего творчества. Белинский, ранее благосклонный к писателю, подверг этот труд уничтожающей критике, осудив его религиозно-мистические идеи и усомнившись в душевном здоровье автора. Над Гоголем желчно издевался Достоевский, сделав его прототипом карикатурного Фомы Опискина, персонажа повести «Село Степанчиково и его обитатели». Вяземский отозвался о книге: «Перед нами был остроумный, забавный, хотя иногда и безжалостный рассказчик. Мы заслушивались его с веселостью и вниманием. Вдруг ни с того ни с другого, так сказать, не прерывая речи, заговорил он совсем другое. Вышло по пословице: начал за здравие, а свел на упокой. Многим не верится, что перед ними тот же человек, что слышат они тот же знакомый и любимый голос». «Выбранные места» пришлись по душе лишь Л. Н. Толстому с его склонностью к мессианству и религиозностью: «Какая удивительная вещь! Пошлые люди не поняли, и сорок лет лежит под спудом наш Паскаль».
Публикация «Выбранных мест» стала скандалом. Во-первых, вся она была проникнута назидательным духом — Гоголь давал советы, как обустроить Россию. Во-вторых, публикация писем предварялась обширным завещанием Гоголя, который собирался умереть еще в 1845 году. Завещание начиналось с настоятельной просьбы перед похоронами убедиться в том, что Гоголь действительно умер, а не впал в летаргию.
Это, на первый взгляд, странное беспокойство объяснялось не только необычайной мнительностью писателя, но и тем, что он нередко впадал в странное оцепенение. В эти моменты у него замедлялось дыхание, почти не было пульса, руки и ноги холодели, что пугало Гоголя возможностью быть похороненным заживо из-за невнимательности окружающих.
В 1845 г. Гоголь уже совсем приготовился к смерти и даже написал протоиерею И. Базарову записку с просьбой немедленно приехать и соборовать его. Писатель жаловался своему другу, поэту Языкову: «Я худею теперь и истаиваю не по дням, а по часам; руки мои уже не согреваются вовсе и находятся в водянисто-опухлом состоянии». А вот письмо графу А. Толстому, в доме которого он проведет последние дни жизни: «Признаки болезни моей меня сильно устрашили: сверх исхудания необыкновенного — боли во всем теле. Тело мое дошло до страшных охладеваний; ни днем, ни ночью я ничем не мог согреться. Лицо мое пожелтело, а руки распухли и почернели и были ничем не согреваемый лед, так что прикосновение их ко мне меня пугало самого».
Его странная болезнь совпала с глубоким кризисом: «Бог отъял на долгое время от меня способность творить. Я мучил себя, насиловал писать, страдал тяжким страданием, видя бессилие свое, и несколько раз уже причинял себе болезнь таким принуждением, и ничего не мог сделать, и все выходило принужденно и дурно. И много, много раз тоска и даже чуть-чуть не отчаяние овладевали мною от этой причины».
В это время религиозность Гоголя приобретает почти болезненные формы, он «был в каком-то расстройстве, которое приняло характер религиозного помешательства». Можно себе представить состояние Гоголя, если учесть, что слова о помешательстве принадлежат вождю славянофилов и православному богослову Хомякову. В религиозности Николая Гоголя видели нечто, не присущее православному человеку. Поговаривали, что писатель в восторге от католичества. Николай Гоголь объяснял своему другу Степану Шевыреву, что «пришел ко Христу скорее протестантским, чем католическим путем. <.> Я встретился со Христом, изумясь в нем прежде мудрости человеческой и неслыханному дотоле знанью души, а потом уже поклонясь божеству его».
В апреле 1848 г. Гоголь совершает путешествие в Иерусалим, к Гробу Господню.