В 1784 году вышел в свет первый театральный журнал в России – “Russiche Teatralien”, издававшийся немецким актером Зауервейдом. Три номера этого журнала вышли при непосредственном участии Елагина. Он также «благословлял» «Драматический словарь», содержащий в алфавитном порядке названия всех пьес, оригинальных и переводных, с указанием имен сочинителей. «Словарь» увидел свет в Москве в 1787 году. Иван Перфильевич также внес предложения о создании словаря русского литературного языка и руководства по риторике и поэтике.
Елагин считается одним из родоначальников первобытного славянофильства. Он интересовался обычаями славян, пользовался былинами как историческими источниками и писал иногда почти по-славянски. Д. И. Фонвизин, с 1763 по 1769 год служивший при нем секретарем, сначала подражал своему патрону, употребляя много славянских слов.
Открывшаяся в 1783 году Российская академия наук, учитывая заслуги И. П. Елагина, включила его в состав своих первых членов. Современники почитали Ивана Перфильевича и называли не иначе как «первым писателем в прозе после Ломоносова». В то же время они отмечали наряду с образованностью и хлебосольством Елагина его высокомерие, корыстолюбие и лесть Екатерине II и ее фаворитам.
Известно, что писатель был в дружеских отношениях с графом А. И. Мусиным-Пушкиным, обменивался с ним рукописями и пользовался его коллекцией для своих научных изысканий. С помощью графа Иван Перфильевич собрал коллекцию рукописей и копий с документов. В своих работах Елагин использовал труды В. Н. Татищева, М. В. Ломоносова, Г. Ф. Миллера и др.
С 1790 года писатель работал над историческим трактатом «Опыт повествования о России». Автор успел охватить период до 1389 года – до времен правления царя Ивана IV. В Москве в 1803 году, уже после смерти автора, вышла первая часть этого труда. По мнению современных исследователей, научные приемы «Опыта» крайне наивны и не выдерживают никакой критики. Они написаны в виде беллетризированного рассказа, где автор выступал против положений «норманнской теории». Произвольные домыслы и фактические неточности значительно снизили научное значение этого труда.
Еще в 1779 году управляющий Императорскими театрами И. П. Елагин вышел в отставку в чине тайного советника. Спустя три года он получил от Екатерины II почетную, но не обременительную должность императорского обер-гофмейстера.
Многие исследователи объясняют отставку 54-летнего Ивана Перфильевича его чудачествами, а также масонством. Советский энциклопедический словарь дает такое толкование слова «масонство (франкмасонство, от французского – «вольный каменщик»): религиозно-этическое движение, возникшее в начале XVIII века в Англии. Название и традиции заимствованы от средневековых цехов (братств) строителей-каменщиков и отчасти средневековых рыцарских и мистических орденов. Масоны стремились создать тайную всемирную организацию с утопической целью мирного объединения человечества в религиозном братском союзе. С масонством были связаны как реакционные, так и прогрессивные общественные движения.
И. П. Елагин играл выдающуюся роль в русском масонстве. Он был посвящен в масоны во французской рыцарской ложе в 1750 году, затем сам открыл в России первую масонскую ложу по английской системе. С начала 1770-х годов Иван Перфильевич возглавил объединенные и реорганизованные им русские масонские ложи, создав так называемую Елагинскую систему масонства. В 1772 году он стал Великим наместным мастером Русской провинциальной ложи, а также руководил ложей «Девяти муз» в Санкт-Петербурге.
При его участии русское масонство в 1776 году было введено в организацию шведской системы «слабого наблюдения». Ложи, руководимые Елагиным, были достаточно открытыми для посетителей и особенно известны своими музыкальными собраниями. В 1777 году Иван Перфильевич участвовал во введении среди русского масонства шведской масонской системы «строгого наблюдения». (Елагин являлся автором неоконченной «Записки» о русском масонстве, она была опубликована в 1864 году – спустя почти столетие после ее написания). В 1784 году деятельность масонских лож в России была прекращена Екатериной II.
Императрица не сочувствовала масонским идеям, а после Французской революции перешла к прямому преследованию членов этого ордена. В письме к французскому ученому М. Гримму она так отозвалась о масонских сочинениях Ивана Перфильевича: «Удивительная чепуха, из которой явствует, что он сходил с ума».
Несмотря на это в 1786 году Елагин создал так называемый Второй елагинский союз и стал гермейстером «Высокого капитула» (1787). Масонство казалось ему действенным средством для того, чтобы избежать влияния на русское общество деистической французской философии. Возможно, это явилось одной из причин, по которой в 1789 году Иван Перфильевич не прошел в предводители петербургского дворянства.