Но, несмотря на такое благоприятное развитие событий, вскоре стало очевидно, что Эвита очень устала. Возможно, это были первые признаки случайно обнаруженного у нее рака крови. Ее прооперировали, но из больницы вышла лишь ее тень, способная принимать только восхищение и обожание толпы. Их старательно обеспечивал Перон, как бы возвращая ей долги и памятуя о том, что Эвита заставила Аргентину полюбить его.
Между тем надвигались новые президентские выборы, а страна все глубже погружалась в экономический кризис. В прессе развернулась кампания нелицеприятной критики президентской четы, но у неугодных изданий попросту изымают всю бумагу. Диктат Перона начинает проявляться во всей красе. Вдобавок ко всему он решил выдвинуть Эвиту на пост вице-президента. Это было уже слишком. На стенах появились примечательные лозунги: «Да здравствует Перон — вдовец!»; против Эвиты выступила даже католическая церковь.
Мешать мужу на выборах Эвита не собиралась и, недолго думая, отказалась принять предложение Конфедерации труда выдвинуть свою кандидатуру на пост вице-президента страны. Ее ответ, известный в Аргентине как «исторический отказ», прозвучал в обращении к народу по радио: «У меня не было и нет в настоящий момент никаких личных амбиций кроме одной: когда будут писать достойную Перона прекрасную главу в истории страны, пусть вспомнят, что рядом с Пероном была женщина, которая посвятила себя донесению до него чаяний народа; женщина, которую народ называл ласково Эвита. Вот все, кем я хотела бы быть».
В октябре 1951 г. состоялось публичное чествование умиравшей Эвиты. Прежде чем предоставить ей слово, Перон попросил многотысячную толпу соблюдать тишину, чтобы были слышны ее слова. Пока она говорила в микрофон слабеющим голосом, муж стоял рядом и поддерживал ее за талию. Но даже в такой момент она не утратила своей истовой веры в лидера и призвала народ к бдительности, к готовности умереть за Перона. Сцена, когда президент прикреплял высший орден страны на ее груди, а Эвита рыдала на его плече, как и весь этот траурный прижизненный митинг, сохранены для потомков в кинохронике. Впечатления людей, прощавшихся со своим кумиром, до сих пор передаются в Аргентине из поколения в поколение.
Подавив попытку военного переворота, Перон победил на выборах осенью 1951 г. А Эвита занялась книгой «Смысл моей жизни». Последний раз на публике она появилась 4 июня 1952 г. во время церемонии принесения Пероном президентской клятвы, но к тому времени врачи уже запретили ей любые передвижения. Эва умирала в страшных мучениях, лежа в самой скромной из президентских резиденций в окружении родных и соратников по борьбе. Она сама отдала указания, как забальзамировать ее тело, и точные инструкции о своем посмертном туалете, прическе и макияже.
Эвита скончалась 26 июля 1952 г. Страна погрузилась в траур. У многих к чувству скорби добавилось ощущение, что вместе с их любимицей хоронят и сам режим Перона. Толпы аргентинцев нескончаемым потоком шли к телу Эвиты и искренне плакали, ведь они так ее любили…
В течение суток тело Эвиты забальзамировал испанский патологоанатом Р. Ара, проходивший стажировку у специалистов московского Мавзолея. Врач заверил Перона, что тело не разложится никогда. Некоторое время останки Эвиты хранились как священная реликвия в часовне центрального здания Всеобщей конфедерации труда. В 1956 г. они были похищены военными, совершившими переворот и свергнувшими Перона. Около года гроб с телом путешествовал по казармам, складам, помещениям армейской разведки и частным домам. Все сохранялось в глубокой тайне, а перемещения были вызваны страхом, что упорные поиски тела сторонниками Перона могут привести к успеху. Однажды даже случилась трагедия: майор Арандия, в доме которого был спрятан саркофаг, услышав ночью подозрительный шорох, открыл огонь из пистолета и застрелил собственную жену.
У нового президента Аргентины генерала П. Арамбуру возник план захоронения останков Эвиты за пределами страны. С огромными предосторожностями, путая следы, они были перевезены в Милан и тайно похоронены под чужим именем. Поиски места захоронения Эвиты продолжались четырнадцать лет. Они увенчались успехом только тогда, когда после очередного военного переворота группа коммандос выкрала бывшего президента П. Арамбуру, под пытками заставила покаяться в содеянном и затем казнила. В 1971 г. останки Эвиты возвратили Перону, а после его смерти опять перезахоронили.