Прозорливые советы старца и в войну не раз спасали людям жизнь. Одна из монахинь вспоминала, что как-то стояли они большой группой возле бани. Отец Лаврентий, проходя мимо, вдруг закричал: «Убегайте – сейчас снаряд прилетит». Только они успели отбежать, как в баню ударил снаряд.
Монахиням и всем прихожанам храма казалось, что духовная жизнь возрождается. Заходя в храм, они оставляли за его стенами все ужасы войны и все свои беды, им не нужно было больше таиться со своей верой. Однако вскоре первая радость прошла. Немецкие оккупанты стали всерьез побаиваться духовного подъема нации. Разрешение открыть церкви было только удачным прикрытием, позволявшим немцам противопоставить себя советской власти и в первое время не встречать сильного сопротивления в народе. Однако верующие видели, что происходило за стенами храмов – у них на глазах немцы творили жестокую расправу над ни в чем не повинным народом. Даже те, кто сначала увидели в них освободителей от советских репрессий, вскоре убедились в истинных намерениях нацистов.
Много деревень в Черниговской области немцы сожгли дотла. Известны случаи, когда прихожан вместе с батюшкой закрывали в храме и поджигали.
Жители Черниговщины с нетерпением ждали освобождения от немецких захватчиков, радостно встречали Красную армию. Верующие надеялись, что теперь, после того как всем вместе пришлось испытать такое горе, атеисты, стоящие во главе советского правительства, не будут мешать им молиться в храмах и возносить хвалу Богу.
Осень 1943 года принесла черниговцам освобождение от фашистов и… новые гонения на церковь со стороны советской власти. Чаша скорби не была выпита до дна. Едва дав людям отдышаться после нацистских бесчинств, советская власть снова вернулась к репрессиям, тюрьмам, расстрелам. Зимой 1943 года была учинена расправа над сподвижником отца Лаврентия отцом Алипием – ему бросили под ноги гранату. Отцу Лаврентию снова чудом удалось избежать смерти. Он продолжал исправно вести богослужения, воспитывать своих духовных чад, молитвой исцелять физические и душевные болезни. Рассказывают, старец иногда даже играл прихожанам на скрипке.
Сестры Свято-Троицкого монастыря, да и все прихожане храма души не чаяли в своем духовном наставнике, внимали каждому его пророческому слову. После войны отец Лаврентий стал еще больше говорить с людьми о том, что скоро наступят «последние времена», когда к власти придет антихрист. «Духовенство увлечется мирским суетным богатством. Они будут иметь машины и дачи, будут посещать курортные места…» – пророчествовал старец. Он говорил, что храмы будут поражать дорогим убранством, только не будет в них уже слова Божиего. Причем он утверждал, что это наступит очень скоро, как и всеобщие выборы штихриста, и говорил молодым монахиням, что они вполне могут дожить до тех времен.
Тем временем силы уже покидали его. За полгода до смерти он отказался от хлеба, оставив в своем рационе только овощи. Как-то летним днем сказал, что ему осталось жить ровно полгода – и этот прогноз вскоре подтвердился.
В конце 1949 года болезнь совсем подкосила отца Лаврентия, он уже не мог самостоятельно дойти до храма. Но пока были хоть какие-то силы, он стремился к пастве, которой был нужен, – любимого батюшку подвозили в церковь на лошади. Девятнадцатого декабря отец Лаврентий посетил последнюю литургию. И окончательно слег.
Даже находясь при смерти, совсем ослабев, он не переставал молиться, просил своих духовных чад не сходить с православного пути. И много говорил о том, что грядет, снова и снова призывая не поддаваться словам Антихриста. Он искренне плакал и жалел тех, кто живет во грехе, кто допускает нечистые мысли и проливает кровь ближних. Отец Лаврентий предсказывал, что разразится третья мировая война, которая «будет не для покаяния, а для истребления». Но в то же время славянским землям он пророчил небывалый духовный подъем…
На Крещение в 1950 году Лаврентий Черниговский покинул грешную землю. Лишь незадолго до его смерти стало известно, что он еще в 1923 году тайно принял схиму (монашеский обет вести особо суровый, аскетический образ жизни). Это было настолько сокровенным, что отец Лаврентий никогда и никому не рассказывал об этом.
Старец заранее приготовил себе дубовый гроб. Лаврентий не раз говорил, что хочет быть похороненным не в храме, а на обычном кладбище, рядом с простыми православными, чтобы во время Страшного суда «встречать Судию со всеми вместе». Однако похоронен он был все-таки в усыпальнице родного Свято-Троицкого монастыря, которому отдал все свои силы. Прощаться с добрым старцем приходили со всей округи, и каждый поминал его добрым словом. Впоследствии многие верующие считали своим долгом помолиться возле могилы Лаврентия Черниговского, и каждый год совершались панихиды по нем. Но в 1962 году монастырь был закрыт, усыпальница заброшена, традиция забыта.