В 1736 году Сведенборг вновь предпринимает путешествие в Голландию, Бельгию, Францию и Италию, во время которого усиленно занимается физиологией и особенно анатомией. Результаты своих трудов он излагает в двухтомном сочинении о животном царстве («Строения животного царства», 1741 г.). В 1744 году он издает в Гааге и Лондоне три тома другого сочинения «Животное царство», которое сохранило свое значение и через 100 лет, когда один из членов Лондонского медицинского общества издал его английский перевод. В обоих биологических сочинениях Сведенборг не касается систематики и описания животных; к зоологии в общепринятом смысле они вовсе не относятся. Сведенборг берет животное царство, или зоологическую ступень мироздания, в ее высшем и нормальном представителе – человеке, и предмет этих двух его сочинений может быть точно обозначен как морфология и механическая физиология человеческого организма.
Сам автор считал свой обширный труд лишь подготовительным. Не делая никаких новых открытий, он везде опирался на последнее слово науки. И в то время, когда Сведенборг замышлял новое, более самостоятельное сочинение по биологии для решения философского вопроса о связи душевной и телесной сторон человеческого организма, в его собственном организме произошла замечательная душевно-телесная перемена, открывшая для него новое, религиозное поприще, с которым преимущественно связано его имя. В 1744 году в жизни Сведенборга произошел неожиданный поворот. Его стали посещать живые, волнующие сны и видения. До того как они начались, он был типичным европейским интеллектуалом XVIII века: свободно владеющий многими языками, ученый, исследователь, изобретатель, человек, принимающий активное участие в общественной жизни в качестве асессора Шведской горной коллегии и члена высшей палаты парламента. В общем, «универсальный человек» раннего периода развития науки.
Обычно, находясь в Лондоне, Сведенборг ходил обедать в одну таверну, где ему предоставили отдельную комнату. Однажды он был очень голоден и ел больше, чем обычно. Вдруг он увидел, что комната стала наполняться туманом, а на полу появилось множество разных гадов. Туман перешел в густую тьму; когда она рассеялась, гадов больше не было, а в углу комнаты Сведенборг увидел сидящего человека, окруженного ярким сиянием. Человек грозно сказал ему: «Не ешь так много!» Тут Сведенборг потерял зрение. Когда оно постепенно возвратилось, Сведенборг увидел, что теперь он в комнате один. В испуге ученый поспешил домой. Ночь и следующий день он провел в размышлении и ничего не ел. На следующую ночь человек, окруженный сиянием, явился опять. Он сказал: «Я Бог, Господь, Творец и Искупитель. Я избрал тебя, чтобы объяснить людям внутренний и духовный смысл Писаний. Я буду диктовать тебе, а ты должен все записывать». Так Эммануил Сведенборг удостоился опыта, который навсегда изменил его жизнь: он, земной человек, должен был послужить инструментом, посредством которого Господь мог бы вновь явить Себя человечеству путем, сходным с видениями библейских пророков. Так началась жизнь Сведенборга как духовного пророка.
После этого Сведенборг почувствовал, что открылись глаза его духа, и с тех пор он стал переноситься духом в небо, ад и промежуточный мир духов, где виделся и беседовал со многими известными ему лицами, иногда недавно, а иногда и давно умершими. По возвращении в Швецию в 1747 году Сведенборг отказался от службы в Горной коллегии и от естественнонаучных занятий. Ему нужно было свободное время для теологических писаний. Не зная, как понимать то, что с ним происходит, он никому ничего не говорил и лишь записывал в дневники свои видения. Его исследования по космологии и о природе души приняли новое направление. Он приступил к изучению Библии, совершенствовал знание древнееврейского языка и написал многочисленные теологические работы, где раскрыл новые истины, которые и послужили основанием для Новой Церкви. В своих многочисленных книгах, называемых последователями Новой Церкви просто Писаниями («Богослужение и любовь к Богу», «Небесные Тайны», «Небеса и ад», «Земли во Вселенной», «Последний суд», «Конь белый», «Новый Иерусалим и его небесное учение»), он выявил скрытый внутренний смысл историй, описанных в Ветхом и Новом Завете, основные истины о Боге, человечестве и Творении, правду о посмертной жизни, показал пути духовного совершенствования, истинный смысл Апокалипсиса и восхитительные тайны браков, заключенных по настоящей супружеской любви, не говоря о множестве других вещей.