На момент прихода Шарлотты Корде Марат принимал лечебную ванну, в которой последнее время проводил почти круглые сутки; там же он и работал. Письменным столом ему служила доска, лежавшая поперек ванны, на ней он редактировал гранки последнего выпуска газеты «Друг народа». И снова Симона Эврар, открывшая дверь Шарлотте, отказалась ее впускать, но Марат услышал голоса в прихожей и потребовал от любовницы объяснений. Та подала ему записку, принесенную Корде. Прочитав ее, Марат потребовал впустить девушку. Через пару минут они остались наедине. Корде сообщила, что в Кане укрываются беглые депутаты-жирондисты, которые готовят бунт. Марат схватил перо, обмакнул в чернила и попросил назвать их имена. Шарлотта подвинулась ближе и начала перечислять имена своих друзей. Когда она закончила диктовать, Друг народа сказал, что скоро их ждет гильотина. В этот момент Корде достала нож из-под косынки и точным молниеносным ударом вонзила его в грудь Марата по самую рукоятку. На его последние слова: «Ко мне, мой друг! На помощь!» – ворвалась Симона Эврар и подняла крик. В комнату вбежали две служанки и комиссионер Лоран Ба, ударивший убийцу стулом по голове. Впрочем, это было лишним – Шарлотта Корде скрываться не собиралась, с самого начала настроившись на самопожертвование. Довольно быстро подоспели врачи, констатировавшие смерть Марата, и жандармы, арестовавшие Шарлотту. Весть об убийстве Друга народа молниеносно разлетелась по городу, целую ночь на улицах бурлила толпа, дом с телом убитого окружило несметное количество возмущенного народа.
Двое с половиной суток Шарлотта Корде провела в тюрьме Аббатства, сохраняя полное спокойствие и мужественно перенося все унижения допросов и пыток – она достигла поставленной цели и исполнила, как ей казалось, свой долг перед Францией и Свободой. Об этом времени она говорила: «Уже два дня я наслаждаюсь покоем». Ни одна газетная статья, посвященная убийству Марата, не обходилась без сравнения Корде с Брутом, и она искренне гордилась этим. В свободное от допросов время она писала письма друзьям, оценивая и разъясняя свой поступок и детально описывая убийство и его последствия для Франции. Корде также обратилась в Комитет народной безопасности с просьбой допустить к ней художника, дабы оставить память друзьям. Помимо спокойствия, ее не покидало и чувство юмора. Например, в защитники Шарлотта хотела пригласить себе Робеспьера. Она не боялась смерти, которая с самого начала была неотъемлемой частью ее плана, возможно, свою роль сыграло и честолюбие дворянки, получившей возможность прославиться в веках. Она была убеждена, что потомки оценят ее поступок.
15 июля в восемь часов утра началось судебное разбирательство в Революционном трибунале. Корде прервала опрос свидетелей заявлением о том, что это она убила Марата, и не стоит тратить время впустую. На вопрос судьи, кто внушил ей столько ненависти, она ответила, что у нее было достаточно своей. Ответы Шарлотты Корде судье и прокурору, дошедшие до нас в судебных протоколах, поражают красноречием и остроумием, видимо, девушка по праву являлась родственницей признанного мастера слова Корнеля. «Я убила одного, чтобы спасти сотни тысяч; я убила мерзавца, чтобы спасти невинных; я убила свирепого дикого зверя, чтобы дать Франции умиротворение. Я была республиканкой еще до революции, и мне всегда доставало сил бороться за справедливость» – такими были ее последние слова на суде. Адвокату нечего было сказать в ее защиту, кроме того, что она признает свою вину и совершила свое преступление в состоянии фанатического исступления. Присяжные большинством голосов признали Корде виновной. Ее перевезли в камеру смертников в Консьержери и прислали священника, которого она, поблагодарив, отпустила. Зато с удовольствием приняла добившегося разрешения написать ее портрет художника Оэра, которому подарила на память прядь своих волос, перед тем как ее коротко остригли, готовя к гильотине.
Перед казнью Шарлотту одели в красное рубище – наряд осужденных за убийство. По пути к месту казни повозка, в которой ее везли, останавливалась каждые десять минут, настолько улицы были заполнены народом. Всего ее последний путь занял два часа. Из толпы летели оскорбления, плевки и камни. Вдруг над Парижем разразилась летняя гроза. Шарлотта переносила все с поразительным самообладанием. Член революционного трибунала Леруа позже высказал мнение, что зрелище людей, идущих на смерть с таким мужеством, деморализует народ. Однако не все, собравшиеся посмотреть на казнь убийцы Марата, вели себя одинаково. Какой-то юноша начал умолять палача казнить его вместо Корде; мужчина из толпы вдруг разрыдался и с криком «Любимая!» кинулся к помосту, расталкивая охранников; депутат Конвента Адам Люкс воскликнул: «Она более велика, чем Брут! Было бы счастьем умереть вместе с нею!»