Между тем, Халид разрабатывал другие операции. В 1998 году он с точностью до секунды спланировал осуществление взрывов американских посольств в Кении и Танзании. Эти акции унесли жизни 241 человека. В 1999 году планировалось убийство Папы Римского Иоанна Павла II во время его визита на Филиппины. Террористы намеревались произвести взрывы во время исполнения мессы. Замысел этот не удался, поскольку папа по состоянию здоровья отменил поездку. А вот документы, подтверждающие причастность Халида к этой акции, были обнаружены в его квартире в Карачи. Через год был подорван эсминец ВМС США, стоявший в Адене. Тогда погибло 17 моряков. Но самый ужасный теракт, спланированный Халидом, произошел 11 сентября 2001 года. В тот день террористы нанесли удары по ВТЦ в Нью-Йорке и Пентагону в Вашингтоне, которые унесли 3 тыс. жизней.
В интервью, данном впоследствии телекомпании «Аль-Джазира», Халид заявил о том, что первоначально планировалось направить захваченные самолеты не на ВТЦ и Пентагон, а на атомные станции США. Затем от этих планов было решено отказаться, поскольку «ситуация могла выйти из-под контроля». В том же интервью Халид приписал лично себе разработку и планирование этого теракта, а также воплощение идеи бен Ладена в реальность.
Мозговой центр терактов, изменивших мир, находился в Афганистане. Оттуда поступали деньги. Ударные же группы окончательно сформировались в США и Германии. ФБР установило, что Халид лично встречался с будущими камикадзе в Гамбурге еще в 1999 году. За три месяца до 11 сентября ФБР стало известно, что Халид переводит крупные денежные суммы на различные банковские счета. Позже выяснилось, что именно эти деньги были заплачены исполнителям терактов, ими производилась и оплата аренды квартир для террористов, пока они проходили летную практику в Калифорнии. Связь с этими смертниками поддерживалась только через электронную почту. Согласно показаниям Халида, данным после ареста, наибольшее внимание террористы уделяли атаке на Пентагон. В самолет, который должен был врезаться в это здание, посадили наиболее опытных террористов – Халида аль-Михдхара и Навафа аль-Хазми, отобранных с самого начала. Для спецслужб это стало неожиданностью. Они предполагали, что самую важную роль среди камикадзе сыграл Мохаммед Атта, который направил свой самолет на башни ВТЦ.
После этих терактов, скрываясь в Афганистане, Халид планировал новые акции. Уже в декабре того же 2001 года подготовленный им взрывник-самоубийца Ричард Рейд попытался подорвать американский самолет, закамуфлировав пластиковую взрывчатку под толстые подошвы своих башмаков, за что получил прозвище «бомбист-башмачник». В 2002 году Халид участвовал в убийстве похищенного в Пакистане американского репортера Дэниэля Перла. Он лично перерезал Перлу горло. По крайней мере, его опознали по руке с ножом, мелькнувшей на нескольких кадрах пленки, которая была передана в США в качестве доказательства гибели журналиста. В том же году был совершен теракт в Карачи, жертвами которого стали французские военные специалисты и несколько гражданских лиц-пакистанцев. Спецслужбы подозревали Халида в причастности и к взрыву на индонезийском острове Бали, организованному исламистами.