Асикага Такаудзи тем временем стал признанным авторитетом в правительстве и в среде самураев. Чтобы воспрепятствовать возвышению этого военачальника, Го-Дайго присвоил самый высокий воинский титул принцу Мориёси. Тот открыто конфликтовал с Такаудзи, и уже через несколько месяцев император под давлением военных отменил свое решение и позволил арестовать сына. Это не помогло Го-Дайго удержаться на троне. В Японии снова вспыхнули восстания, но уже в поддержку Асикага Такаудзи. Тот удалился от императорского двора, а затем нанес поражение войскам верного императору Нитта Есисада. Войдя победителем в Камакуру, Асикага Такаудзи провозгласил себя сёгуном. В 1336 году он возвел на трон своего протеже — императора Комё.
Го-Дайго ничего не оставалось, как уйти вместе с небольшим количеством своих сторонников в горы Ёсино, где был основан так называемый Южный двор. А в Киото тем временем находилось правительство, контролируемое новым сёгуном — Северный двор. Противостояние между двумя центрами власти продолжалось с 1337 по 1392 год, когда Южный двор окончательно пришел в упадок и прекратил свое существование. Сам Го-Дайго покинул трон в 1339 году, оставив его своему сыну Го-Мураками (1328–1368). Отрекшийся правитель скончался на следующий день после отречения.
В течение нескольких столетий императоры Страны восходящего солнца обладали не более чем видимостью власти, были своеобразным символом, данью традиции. Естественно, они не один раз пытались изменить ситуацию, но безуспешно, тем более что эпоха Сэнгоку-дзидай подарила Японии властных и талантливых полководцев и правителей — Ода Нобунага (1534–1582) и Тоётоми Хидэёси (1536–1598). По сравнению с ними номинальные правители Японии казались не более чем бледными тенями. А Токугава Иэясу (1542–1616) основал династию сёгунов и мощнейший в истории Японии военно-феодальный режим, на 250 лет похоронивший надежды императорской династии возвратить себе реальную власть.
Когда Японией фактически правили сёгуны, император, за которым был закреплен дворец в Киото, вынужденно занимался лишь тем, что проводил при дворе пышные церемонии, представления древних танцев бугаку, конкурсы поэтов, каллиграфов и спортивные состязания. Отголосок устоявшейся тогда традиции дошел и до наших дней: подобные мероприятия по-прежнему входят в состав официальных развлечений императорского двора Японии.
Вплоть до середины XIX века правители Страны восходящего солнца вынуждены были довольствоваться оставшейся у них сугубо религиозной властью. Положение в корне изменилось со вступлением на трон императора Муцухито (1852–1912). Этот властный, дальновидный и талантливый политик в 1868 году рискнул развязать вооруженный конфликт с сёгунатом, вылившийся в так называемую революцию Мэйдзи. На сей раз потомку богини сопутствовала удача: Муцухито сумел выйти победителем и обрел всю полноту государственной власти. Чтобы закрепить достигнутые успехи и обезопасить Трон хризантем от превращения в символ, император настоял на том, чтобы в 1889 году в Японии был принят основной закон, согласно которому страна объявлялась конституционной монархией. В эпоху Мэйдзи столица Японии переехала в Эдо (1869), который получил название «Восточной столицы» — Токио.
Несмотря на значительные перемены, в конце XIX — начале XX века полномочия императора были несколько ограничены — в вопросах внешней и внутренней политики значительную роль играло правительство. Особенно тяжелая судьба выпала на долю Хирохито (1901–1989), 124-го императора, вступившего на престол в 1926 году. Государственные обязанности на него были возложены еще в 1921 году, когда здоровье императора Есихито (1879–1926) резко ухудшилось, и он вынужден был передать многие свои заботы наследнику, получившему титул регента. Годы правления Хирохито вошли в историю под названием эпохи Сёва. Этому представителю династии предстояло занимать Хризантемовый трон до 1989 года. Даже его предки, отличавшиеся завидным долголетием, могли позавидовать столь продолжительному правлению, необычному даже для императорского дома Японии. Именно при этом монархе Страна восходящего солнца пережила по-настоящему тяжелые времена. Такие страницы истории Японии, как участие в военных авантюрах (результат пребывания у власти милитаристов), быстрое расширение колониальной империи, беспрерывная война в 1937–1945 годах, сгоревшие в адском пламени атомных бомб Хиросима и Нагасаки, капитуляция милитаристского государства, иностранная оккупация и годы разрухи, сменившиеся периодом расцвета экономики, который стали называть «японским чудом», имели громадный международный резонанс.