В ночь на 1 июля Ф. Октябрьский доложил Ставке о том, что все возможности для обороны Севастополя исчерпаны. Тогда же с мыса Херсонес на подводных лодках и нескольких транспортных самолетах были вывезены высшие командиры и комиссары Советской армии: генерал Петров и его штаб, командиры дивизий, командование флота, партийное руководство, команднополитический состав, высшие чины НКВД. Всего город покинули 498 человек. Из них 222 человека отправились на Большую землю на 13 самолетах из авиагруппы особого назначения. Вице-адмирал Ф. Октябрьский собирался покинуть город на последнем самолете, но в последний момент солдаты узнали его и подняли шум. Когда раздалась беспорядочная стрельба (пока — только в воздух), военком авиагруппы полковой комиссар П. Михайлов сумел взять ситуацию под контроль, заявив, что командование отбывает исключительно для того, чтобы организовать эвакуацию защитников Севастополя.
Комиссар прекрасно осознавал, что врет. Но солдаты поверили ему, самолет беспрепятственно взлетел и растаял в темноте. Ранним утром его пассажиры ступили на землю в Краснограде. Тогда же, в ночь на 1 июля, город покинули все имевшиеся в наличии исправные плавсредства. Они доставили на Большую землю еще 304 человека. Следует сказать, что подводная лодка, на которой бежал из Севастополя И. Петров, покинула город последней, и вовсе не из высоких побуждений командующего или угрызений мучившей его совести. Дело в том, что генерал отправил в пылающий город, в котором уже местами хозяйничали немцы, специальную группу; занималась она поисками любимого сына генерала, Юрия. Только после того, как Петров-младший оказался на борту подлодки, судно ушло в море.
Больше всего картина поспешного бегства из Севастополя командного состава, штабистов и ответственных работников напоминало бегство крыс с тонущего корабля. Эти люди приложили массу усилий, чтобы спасти свои шкуры, а в это же время брошенные на произвол судьбы воины продолжали с нечеловеческим упорством отбивать бешеные атаки противника, платя своими жизнями за каждый удержанный сантиметр севастопольской земли. Примечательно, что за все время осады несчастного города в нем не побывал ни один из высших военачальников; они предпочитали руководить издали, при помощи письменных приказов. С уходом командного состава управление оставшимися в Севастополе войсками было окончательно утрачено.
Но люди продолжали сражаться за город, превратившийся в сплошные развалины и пожарища. Остатки вооруженных сил возглавил командир 109-й стрелковой дивизии генерал-майор П. Новиков, который получил от бежавших чинов приказ «…сражаться до последней возможности, после чего… пробиваться в горы, к партизанам». Он отвел защитников базы к полуострову Херсонес. В ночь на 2 июня личный состав батареи № 35 взорвал орудия, поскольку боекомплект был израсходован полностью. Тогда же два тральщика, две подводные лодки и пять морских охотников в последний раз подошли к городу, чтобы принять на борт еще около 650 человек. Надо отметить, что командир дивизии совершил невероятное и продержался со своими людьми до 4 июля.
Остатки Приморской армии — более 30 000 человек — пытались укрыться в пещерах в крутых склонах берега. Там оставшиеся в живых люди, лишенные боеприпасов (снаряды и гранаты распределялись уже поштучно!), продовольствия, пресной воды и медикаментов, тщетно ожидали обещанной эвакуации. Защитники Севастополя никак не могли понять, что их просто бросили, списав со счетов… Кораблей, подводных лодок и самолетов так и не дождались. В полночь с 3 на 4 июля на причалы доставили тяжелораненых, подошли подразделения с передовой. Люди стояли молча, с надеждой глядя в море. Но к берегу подошли всего несколько маленьких катеров, которые даже не успели пришвартоваться: доведенные до отчаяния люди смяли охрану, кинулись на причалы и начали прыгать в воду. Катера поспешили отойти подальше, так что до них добралось лишь незначительное количество людей.
До рассвета на полуразрушенном причале, вокруг него, на берегу плотной стеной продолжали стоять тысячи защитников города, все еще ожидавших спасения. Первый порыв отчаяния схлынул, и они стояли молча, не шевелясь. Только когда стало светать, кто-то крикнул: «В оборону!» И потерявшие надежду солдаты начали прямо на берегу занимать места, готовясь дать врагу последний бой… С таким ожесточенным сопротивлением немцы еще не сталкивались. Затишье на берегу наступило только глубокой ночью.