В благодарность за заслуги 27 февраля 1402 года Бонифаций IX возвел своего друга в сан кардинала. Уже упомянутый выше секретарь Ватикана Дитрих фон Ним писал: «Неслыханные, ни с чем не сравнимые „дела“ творил Косса во время своего пребывания в Риме. Здесь было все: разврат, кровосмешение, измены, насилия и другие гнусные виды греха, против которых обращен был когда-то гнев Божий». И далее: «Только в Болонье Коссе удалось совратить более 200 женщин. Он поехал туда по поручению папы для решения различных вопросов, касающихся церкви и политики, но не забыл при этом и своих любовных дел. Любовницами его были замужние женщины, вдовы, девушки и монашки, жившие в монастырях. Некоторые из них любили его и добровольно становились его любовницами, но некоторые были грубо изнасилованы прямо в монастырях».
В начале 1403 года Косса отправился по поручению Бонифация IX в Болонью, чтобы выяснить политическую обстановку, и попутно попытался разыскать Иму Даверону, с которой не виделся восемнадцать лет. Но Имы в Болонье не оказалось. По словам ее бывшей служанки, она вышла замуж и переехала жить в Милан.
Из Болоньи Косса в начале 1403 года выехал в Феррару, где возглавил войско, которое вскоре заняло Болонью, Реджо и Парму, т. е. города, отпавшие от Папской власти и управлявшиеся местными феодалами. В этой операции Балтазар Косса проявил себя не только как способный военачальник, прекрасно разбиравшийся во всех тонкостях стратегии, но и как отличный политик и превосходный дипломат, ловко использовавший интригу, обман и предательство. В результате 25 августа 1403 года Болонья, Перуджа и Ассизи — самые богатые приходы Папской области — оказались в подчинении папского легата кардинала Балтазара Коссы. Продвигаясь к цели, Косса оставлял за собой море крови, но эта беспримерная жестокость только поднимала его в глазах Бонифация IX и кардиналов. Во всех военных походах Балтазара сопровождали двое его верных друзей, два старых пирата — Ринери Гуинджи и Гуиндаччо Буонакорсо. Первый из них, знакомый с теологией, благодаря поддержке Коссы выдвинулся и стал епископом Фано. Ну, а Гуиндаччо Буонакорсо остался простым священником, так как даже Косса не решался дать ему более высокий сан.
В ноябре 1406 года Балтазара известили о том, что в Риме скоропостижно скончался «от апоплексического удара» папа Иннокентий VII, преемник Бонифация IX, правивший всего два года. Косса немедленно выехал из Болоньи в Ватикан. Эммануэль Фанчелли пишет: «Все знали, что папа Иннокентий VII постоянно завидовал политическим успехам своего легата и помышлял о том, чтобы лишить его управления Болоньей. И когда он умер, поползли слухи, что он отравлен Коссой и его единомышленниками. Со временем эти слухи подтвердились». Официальное обвинение в убийстве было предъявлено Коссе только в мае 1415 года на Констанцском соборе, а в ноябре 1406 года конклав по его совету избрал папой Анджело Коррарио, который принял имя Григория XII. Первым протокол об избрании папы подписал Балтазар Косса.
Григорий XII понимал свою зависимость от всесильного кардинала. Он во всем советовался с ним, оставив его легатом в Болонье. Это был наиболее видный и значительный пост в папском государстве. Косса стал первым из кардиналов. Но постепенно Григорий XII стал тяготиться опекой Коссы и, чтобы ослабить его влияние в среде высших священнослужителей, назначил много новых кардиналов. Взаимоотношения папы и первого кардинала обострились. Григорий XII предал Балтазара Коссу анафеме и лишил звания и прав легата. Жители Болоньи и Романьи освобождались от клятвы верности Коссе. В ответ на это Косса объявил себя абсолютным и независимым властелином областей, которыми он ранее управлял от имени папы. Кроме того, он приступил к объединению священнослужителей и правителей государств, недовольных правлением папы Григория XII.