От столицы тангутов монголы повезли тело своего великого правителя в родные степи. Обряд похорон был таков: в вырытую могилу опустили останки Чингисхана вместе с множеством ценных вещей и перебили всех рабов, выполнявших погребальные работы. По обычаю, ровно через год требовалось справить поминки. Дабы потом найти место погребения, монголы сделали следующее. На могиле принесли в жертву только что взятого от матери маленького верблюжонка. И через год верблюдица сама нашла в безбрежной степи место, где был убит ее детеныш. Заколов эту верблюдицу, монголы совершили положенный обряд поминок и затем покинули могилу навсегда. С тех пор никому не известно, где погребен Чингисхан.
В последние годы жизни он был крайне озабочен судьбой своей державы. У хана было четыре сына от любимой жены Бортэ и множество детей от других жен, которые хоть и считались законными детьми, но не имели прав на престол отца. Сыновья от Бортэ различались по склонностям и по характеру. Старший сын, Джучи, родился вскоре после меркитского плена Бортэ, и потому не только злые языки, но и младший брат Чагатай называл его «меркитским выродком». Хотя Бортэ неизменно защищала Джучи, а сам Чингисхан всегда признавал его своим сыном, тень меркитского плена матери легла на Джучи бременем подозрений в незаконнорожденности. Однажды в присутствии отца Чагатай открыто обозвал Джучи незаконнорожденным, и дело чуть не закончилось дракой братьев.
Любопытно, но по свидетельствам современников, в поведении Джучи были некоторые устойчивые стереотипы, сильно отличавшие его от Чингиса. Если для Чингисхана не существовало понятия «пощада» в отношении к врагам (он оставлял жизнь лишь маленьким детям, которых усыновляла его мать Оэлун, и доблестным багатурам, переходившим на монгольскую службу), то Джучи отличался гуманностью и добротой. Так, во время осады Гурганджа совершенно измученные войной хорезмийцы просили принять капитуляцию, то есть, проще говоря, пощадить их. Джучи высказался за проявление милости, но Чингисхан категорически отверг просьбу о пощаде, и в результате гарнизон Гурганджа был частично вырезан, а сам город затоплен водами Амударьи. Непонимание между отцом и старшим сыном, постоянно подогреваемое интригами и наговорами родственников, со временем углубилось и перешло в недоверие государя к своему наследнику. Чингисхан заподозрил, что Джучи хочет приобрести популярность среди завоеванных народов и отделиться от Монголии. Вряд ли это было так, но факт остается фактом: в начале 1227 года охотившегося в степи Джучи нашли мертвым — у него был сломан позвоночник. Подробности происшедшего держались в тайне, но, без сомнения, Чингисхан был человеком, заинтересованным в смерти Джучи и вполне способным оборвать жизнь сына.
В противоположность Джучи, второй сын Чингисхана, Чага-тай, был человеком строгим, исполнительным и даже жестоким. Поэтому он получил должность «хранителя Ясы» (нечто вроде генерального прокурора или верховного судьи). Чагатай неукоснительно соблюдал закон и без всякой пощады относился к его нарушителям.
Третий сын великого хана, Угэдэй, подобно Джучи, отличался добротой и терпимостью к людям. Характер Угэдэя лучше всего иллюстрирует такой случай: однажды в совместной поездке братья увидели у воды мывшегося мусульманина. По мусульманскому обычаю, каждый правоверный обязан несколько раз в день совершать намаз и ритуальное омовение. Монгольская традиция, напротив, запрещала человеку мыться в течение всего лета. Монголы полагали, что мытье в реке или озере вызывает грозу, а гроза в степи очень опасна для путников, и потому «вызов грозы» рассматривался как покушение на жизнь людей. Нукеры-дружинники безжалостного ревнителя закона Чагатая схватили мусульманина. Предвидя кровавую развязку — несчастному грозило отсечение головы, — Угэдэй послал своего человека, чтобы тот велел мусульманину отвечать, что он уронил в воду золотой и всего лишь искал его там. Мусульманин так и сказал Чагатаю. Тот велел искать монету, а за это время дружинник Угэдэя подбросил золотой в воду. Найденную монету вернули «законному владельцу». На прощание Угэдэй, вынув из кармана горсть монет, протянул их спасенному человеку и сказал: «Когда ты в следующий раз уронишь в воду золотой, не лезь за ним, не нарушай закон».
Младший из сыновей Чингиса, Тулуй, родился в 1193 году. Поскольку тогда Чингисхан находился в плену, на этот раз неверность Бортэ была вполне очевидна, но Чингисхан и Тулуя признал своим законным сыном, хотя и внешне тот не напоминал отца.