Долгое время считалось, что манускрипт, обнаруженный в 1912 году, написан с использованием загадочного кода, хотя, возможно, никакого кода не существует, и мы имеем дело с хаотическим набором графических символов. Однако многие исследователи склонны думать, что произведение, состоящее из 230 страниц, в написании которых прослеживаются определенные закономерности, не может быть бессмыслицей. Ну а скептики считают, что вполне возможно создать нечто подобное, используя систему кодировки, которая была известна еще в XIV веке. Сторонники этой версии считают, что манускрипт мог быть продан Рудольфу II известным авантюристом Эдвардом Келли за 600 дукатов, что в наши дни составило бы 50 тысяч долларов.
О первой попытке разгадать тайны манускрипта Войнича профессором Уильямом Ньюборном мы уже упоминали. Она закончилась неудачей.
Следующая попытка была сделана в 1940 году. Два криптографа-любителя — Джозеф Фили и Леонелл Стронг — заменили символы в манускрипте на буквы латинского алфавита, но им тоже не удалось прочесть древний текст. В конце Второй мировой войны группа военных криптографов, прославившихся тем, что взломали шифр японской армии, в свободное от работы время развлекалась дешифровкой древних манускриптов. Под их натиском пали все шифры — и только текст Войнича остался непобежденным.
Филолог-любитель Джон Стойко в 1978 году предположил, что документ был написан на базе украинского языка. По версии Стойко, из слов просто убрали гласные буквы. Однако предложение, переведенное им как: «Взгляд маленького бога ищет пустоту», никоим образом не связано ни с иллюстрациями, ни с украинской историей.
В 1987 году Лео Левитов, физик по образованию, заявил, что документ создан еретиками — катарами, жившими в средневековой Франции, и представляет собой набор слов из различных языков. К сожалению, сделанный им перевод не имел ничего общего с верованиями катаров и не был похож ни на какие из дошедших до нас катарских текстов.
Своеобразная внутренняя структура «слов» манускрипта Войнича привела двух исследователей — Уильяма Фридмена и Джона Тилтмена, независимо друг от друга, — к выводу, что незашифрованный текст мог быть написан не на живом, а на искусственном языке — на особом «философском языке». В языках такого типа словарь организован согласно системе категорий так, что общее значение слова может быть определено с помощью анализа последовательности букв. Например, в современном синтетическом языке Ро (Ro), префикс «bofo-» — это категория цвета, и каждое слово, начинающееся с bofo-, будет названием цвета: красный — это bofoc, а желтый — bofof. Очень приблизительно, но это можно сравнить с системой книжной классификации, используемой многими библиотеками (по крайней мере на Западе), например, буква «Р» может отвечать за раздел языков и литературы, «РА» — за греческий и латинский подраздел, «РС» — за романские языки и т. п.
Эта концепция достаточно стара, об этом свидетельствует книга «Философский язык» ученого Джона Уилкинса, вышедшая в 1668 году. В большинстве известных примеров таких языков конкретный предмет может иметь множество связанных с ним слов с повторяющимся префиксом. Например, все названия растений начинаются с одних и тех же букв или слогов, то же можно сказать, например, обо всех заболеваниях и т. п. Именно так можно было бы объяснить монотонность текста манускрипта.
Однако никто не в состоянии достаточно убедительно объяснить значение того или иного суффикса или префикса в тексте манускрипта Войнича. К тому же все известные образцы философских языков относятся к значительно более позднему периоду — к XVII веку.
Возможно, конечно, что манускрипт Войнича — либо искусная подделка, созданная для того, чтобы заработать деньги, либо творение безумного схоласта. Но такую версию отвергает строгое лингвистическое построение текста. Например, широко используемый в тексте манускрипта слог «до» встречается только в начале слова. Слог «сhek» может находиться также впереди, но если он употребляется в том же слове, что и «qo», то в этом случае «qo» всегда стоит перед «chek». Еще один широко используемый слог «dy» чаще всего располагается в конце и в начале слова, но в середине не встречается никогда. Соответственно, нельзя утверждать, что текст — хаотичный набор символов.