Гелиополис процветал до тех пор, пока христианство не вытеснило многочисленных свирепых, порой весёлых, часто бестолковых и ненадёжных античных богов. Приход христианства означал закат Гелиополиса. Ещё некоторое время жрецы акрополя властвовали над городом, но с каждым годом всё беднее и скромнее проходили празднества, всё меньше сторонников оставалось у золотого Гелиоса. Крушение языческого Гелиополиса совпало с крушением Западной Римской империи.
Восточная Римская империя, Византия, христианское государство, не поощряла культа античных богов.
Храм Венеры (Бахуса).
Но город Гелиополис продолжал ещё жить, и акрополь сохранился, хотя была вынесена и перелита на слитки статуя Юпитера и разграблены кладовые храмов. Пока Гелиополис оставался важным торговым городом империи, он не мог существовать без храмов. Потому в нём строились новые церкви, теперь уже христианские, потому же переделывались в христианские храмы, построенные ранее.
Император Феодосий в IV веке приказал возвести собор посреди центральной площади акрополя. Собор должен был знаменовать собой победу истинной веры над язычеством. Собор, построенный в спешке, подешевле и попроще, развалился уже через несколько десятков лет, почти не оставив следов. Переделан был в христианскую церковь и храм Фортуны. Его назвали церковью Святой Варвары.
Император Юстиниан приказал выломать порфирные колонны площади акрополя и перевезти их в Константинополь. Колонны опять проделали длинный путь. Снова перевалы через горы, снова погрузка в Бейрутской гавани на корабли, снова путешествие морем, в новую столицу. Теперь они пошли на строительство Святой Софии — христианского собора в Константинополе. Они и сегодня стоят там, среди других колонн, свезённых со всего восточного мира, среди остатков великих и прекрасных памятников архитектуры, уничтоженных христианством.
Враждебные силы природы как будто поджидали ослабления Гелиополиса. Несколько землетрясений одно за другим ударили по городу, каждое разрушало дома и церкви. Но храм Юпитера держался.
Ещё через несколько столетий христиане-византийцы были вынуждены уйти из потерявшего былое значение захудалого городка. На их место пришли арабы. Тогда-то и родилась легенда о том, что храмы и громадные платформы построены джиннами царя Соломона.
Арабы с новой силой принялись перестраивать и перекраивать акрополь. Вернее, то, что осталось от него. К их приходу простоявшие более пятисот лет здания потеряли былую прочность. Упало несколько великолепных колонн храма Юпитера, и их капители откатились далеко по двору акрополя. Землетрясения разрушили большую часть стены акрополя и уничтожили вход в него.
Арабы превратили акрополь в крепость. Высокий храм, укреплённый громадными каменными плитами, казалось, призывал фортификаторов использовать его. Из обрушившихся плит и колонн соорудили новые стены и бастионы. Среди развалин была построена мечеть. Другая, побольше, выросла за пределами акрополя. Ещё раз сменились боги, и ещё раз поклонявшиеся им были уверены, что именно их боги действительно истинны и достойны господствовать над миром.
Но колоннам Юпитера пришлось ещё раз увидеть смену знамён, смену богов. Армия крестоносцев Боэмунда Антиохийского и Раймонда Эдесского захватила крепость и держалась в ней некоторое время, обороняясь от дамасской армии. Крестоносцы успели разорить мечети и на скорую руку восстановили власть христианского Бога. Через несколько недель они отступили, и в мечети вернулись муллы. А поредевшие колонны храма Юпитера равнодушно возвышались над этим столпотворением.
Боги, в честь которых они были возведены, вымерли так давно, что и памяти о них не осталось в тех краях. И, встречая изображение Юпитера или Марса, христиане и мусульмане в зависимости от настроения и полёта фантазии принимали их либо за дьяволов, либо за героев древности.
Забылось название города — Гелиополис. Вернулось старое — Баальбек. Один английский путешественник, увидевший развалины Баальбека в 1751 году, сообщил в своих записках, что в долине, посреди грязного, бедного городка, стоят девять огромных колонн. Вокруг валяется множество камней и плит.
Другой путешественник, француз, тридцатью годами позже насчитал этих колонн только шесть: очередное землетрясение 1759 года повалило три остальные. Он же обратил внимание на руины боевой башни, возвышавшейся когда-то среди колонн. Он не знал, что башня была построена в XII веке Бахрам-шахом, властителем Дамаска. Ко времени появления здесь первых европейских путешественников Баальбек давно потерял своё военное значение.