А что же циклотроны, которые строились в Германии? В мае 1944 г. состоялся пробный пуск циклотрона в институте профессора Боте. В числе почетных гостей были А. Шпеер и А. Фёглер. Но пуско-наладочный период слишком затянулся. Затем циклотрон был поврежден при одной из бомбардировок. Еще хуже обстояло дело с лейпцигским циклотроном. Он был уже полностью готов, когда 20 февраля 1944 г. в здание института на Линнештрассе попала фугасная бомба. Гофман стал искать новое место для установки циклотрона и вскоре нашел полностью защищенную от бомбежек заброшенную горную выработку в 30 км от Лейпцига, в местечке Клостер-Хольц. Потребовались огромные усилия для того, чтобы составить и утвердить новую смету на приспособление старых шахт и монтаж циклотрона (более 1 млн. марок). Благодаря вмешательству Фёглера и Шпеера работы начались, но фронт неумолимо приближался к Лейпцигу. О монтаже циклотрона не могло быть и речи, а Гофман, как писали в июле Фёглеру, тяжело заболел: его нервы не выдержали, и он потерял рассудок.
Эвакуацию своих промышленных предприятий и институтов нацисты стыдливо называли «перемещением». Подготовка к эвакуации началась в первой половине 1943 г. и сначала преследовала цель рассредоточить объекты для меньшей их уязвимости с воздуха. Эвакуацией ведало министерство Шпеера. Война в это время шла еще на территории Советского Союза, и в ответ на директиву выбрать место для эвакуации профессор Боте, например, называл Вену. Это означало, что он со своим институтом физики должен был выехать из Гейдельберга на юго-западе Германии далеко на восток. Однако война все больше приближалась к границам Германии, и вскоре «перемещение» приняло ярко выраженный характер движения с севера и востока на юго-запад, в горы, навстречу войскам западных держав. К концу 1944 г. эвакуация потеряла всякую планомерность и превратилась в простое бегство.
Трудно себе представить, но нацисты одновременно с эвакуацией задумали провести реорганизацию всей системы военных исследований. Гитлер еще в середине 1940 г. специальным правительственным распоряжением запретил проведение исследований, которые не могли дать положительного результата в ближайшее время. К 1944 г. ошибочность этой концепции стала настолько очевидной, что даже в официальных документах писалось о «несвоевременном признании высокого значения фундаментальных исследований» и «горьком уроке рокового ошибочного решения 1940 г.» Принципиальное пренебрежение фундаментальными исследованиями усугублялось отсутствием единого руководящего центра, который координировал бы военные исследования в масштабах страны. Основные текущие военные разработки проводились в собственных исследовательских организациях армии, авиации и флота, но значительная часть исследований велась в институтах Общества кайзера Вильгельма, университетах, высших технических школах, лабораториях промышленных фирм и других невоенных организациях. Тематику исследований и объем ассигнований определяли действовавшие подчас без должного контакта друг с другом имперское министерство науки, воспитания и народного образования, Общество кайзера Вильгельма, Главное управление четырехлетнего плана, Управление армейского вооружения, Управление вооружения авиации, Управление вооружения флота, промышленные фирмы.
В 1942 г. для централизованного руководства всеми научными исследованиями был создан имперский исследовательский совет под председательством рейхсмаршала Г. Геринга, но должные организационные мероприятия проведены не были и намеченная цель не была достигнута.
Прогрессирующее отставание немецкой военной техники заставило гитлеровское руководство в середине 1944 г. вновь вернуться к проблеме организации военных исследований. После долгой подготовки, в развитие приказа Гитлера от 19 июня 1944 г. о концентрации производства вооружений, Геринг 24 августа 1944 г. издал приказ о проведении самой крупной реорганизации системы военных научных исследований: отныне все без исключения военные исследования в Германии должны были проводиться под руководством единого центрального органа — Объединения военных исследований.
Объединению предполагалось передать научное руководство исследовательскими организациями вооруженных сил, министерства науки, воспитания и народного образования, Общества кайзера Вильгельма, университетов, промышленных фирм, которые вели или могли вести военные исследования. Объединение должно было рассматривать планы военных исследовательских работ, выделять важнейшие темы, прекращать бесперспективные исследования. Высшим органом Объединения военных исследований был руководящий научный штаб под председательством Геринга, в который должны были входить крупнейшие ученые в качестве руководителей специальных отделов, ответственных за отдельные направления науки и техники.